Pisane z labu

Nie dla ACTA i nie dla "rządu" który żąda a nie rządzi

2012-01-24T21:12:00.003+01:00

Jak w temacie. Jestem zniesmaczona brakiem zainteresowania rządu opinią publiczną podczas jego historycznej II kadencji. Wstyd mi za zamieszanie wokół ACTA i trochę żal, że będę musiała pousuwać kilka obrazków.

Labowe Przedszkole

2012-01-15T22:26:00.001+01:00

Uczyłam koleżanki z pracowni obok, jak się robi PCRa. Pominę okoliczności, w każdym razie dopiero w takich sytuacjach człowiek docenia ogrom drobnych pierdółek, które składają się na jego Warsztat Pracy, Know How, Doświadczenie Zawodowe, czy jak to jeszcze nazwiecie. No bo takie rzeczy jak składniki MIXu są przecież tak naturalne, że aż głupio jest o tym mówić. Ustawianie programu na cyklerze? Stężenie robocze primerów? Gotowanie agarozy? Napięcie rozdziału elektroforetycznego? Wszystko przecież jest instynktowne, znane, własne. Prawie jak rodzina, o której wiemy niemal wszystko. Czasami przyjemnie jest sobie przypomnieć, że to wszystko jest naturalne tylko dla kogoś, kto poświęca temu sporo czasu. Zwykle patrzę od drugiej strony: że tak mało wciąż wiem i umiem, że zwykły (sic!) allelospecyficzny Taqman mi nie chodzi jak powinien, że nie mam czasu wziąć się za statystykę i że nie mam motywacji do pracy naukowej. Więc może dobrze jest spojrzeć na to wszystko od drugiej strony.

Wyspy Szczęśliwe

2012-01-10T22:14:00.000+01:00

Anegdota jest dość leciwa, podobno rzecz miała miejsce w latach 90tych ubiegłego wieku...

Studentom obrzydły zajęcia z niejakim Majorem, wykładowcą od PO w szkole wojskowej dla lekarzy.
Postanowili być od niego mądrzejsi i któregoś dnia podczas dyskusji o sojuszach wojskowych zapytali:
-czy pan Major słyszał, że ostatnio do NATO przystąpiły Wyspy Langerhansa?
Pan Major podobno przez kolejny tydzień wertował mapy i atlasy geopolityczne w poszukiwaniu owych niewielkich wysp.

32 słowa napisane sympatycznym tuszem

2012-01-09T23:36:00.000+01:00

Aż dziw że w ogóle polska nauka się jeszcze trzyma... kolos na glinianych nogach. Ale ja nie o tym...
Trudno jest odzyskać stracony rozpęd, ale chyba spróbuję. Od marca coś się na blogu zmieni. Zobaczymy czy na lepsze, ale popróbuję... może z wordpressem? Zlabu zostanie, chodzi jednak o coś nowego, bardziej profesjonalnego jeżeli można tak to nazwać. Co z tego wyniknie... nie wiem, jeszcze nie zaczęłam nad tym konkretniej myśleć.

Myślę natomiast intensywnie nad kształtem swojej pracy doktoranckiej i powiem wam jedno: mam napisane 32 słowa. Mocno od dupy strony jest zaczynać tak jak ja zaczęłam (od dedykacji), ale te słowa napisałam 2 lata temu nie wiedząc że w ogóle zacznę kiedykolwiek się doktoryzować. Skoro przeszły nietknięte próbę czasu i nie straciły na aktualności, to staną się kamieniem węgielnym pod mój przyszły Crap. A co tam, od czegoś zacząć trzeba.

Dla tych co nie stracili cierpliwości na początku postu garść niusów Z labu:

* Szefowa końmi próbuje zaciągnąć nas do polityki jakości. Chyba nie wie na co się porywa. Albo raczej na co nas porywa. ISO w takim kształcie, jaki się u nas w szpitalu tworzy jest dla pojebów i psychopatów. Do dręczenia dzieci. Łamania przestępców na przesłuchaniach. Koterski powinien zrobić o tym film.

* Wojna wolsko-wolska z NFZtem rozpętała się na dobre. Bajzel totalny, blitzkrieg się nie udał i teraz wszystkie strony konfliktu siedzą w okopach po kolana w kupie. Tylko mięso lata w około (nie armatnie tylko słowne) i świszczą kule receptowo-pieczątkowo-kolejkowo-poradniane. A pacjent dostaje rykoszetem.

* Kolejny pomysł szefowej to listy gończe. Będziemy w labie mieć sesję zdjęciową, focie portretowe ekipy labu, w kitlach, rękawiczkach itd. mają trafić na stronę internetową labu (zgadnijcie kto ma ją zrobić...). 1/3 ekipy strajkuje, że nie da się zastrzelić spustem migawki. Ja bym ich za takie teksty samodzielnie zastrzeliła bo to średnia przyjemność obrabiać potem te foty i wklejać w kod źródłowy, ale akurat nie mam możliwości i nabojów żeby to zrobić.

Mindfrak

2012-01-04T12:46:00.002+01:00

Długo mnie nie było i pewnie jeszcze jakiś czas się ponudzicie Czytelnicy. Niby mamy kolejny nowy rok, jest szansa zacząć wszystko od nowa, lepiej i weselej. Nie miałam w 2011 wielu trosk, natomiast teraz wydaje mi się że każ de zadanie jakiego się podjęłam w ostatnim czasie wali mi sie na barki 50t cięzarem.
Może straciłam jakieś mołdżo, wyhamowałam rozpęd radosnej beztroski ale cóż, takie jest życie.
Chwilowo uciekam od długiej listy spraw “do załatwienia” w wyreżyserowane problemy załogi Galactica'i i całkiem mi z tym dobrze. Jeszcze kilka dni i będzie trzeba przestać ćpać BSG i wziąć dupę w troki, bo zapuściłam sie intelektualnie jak dziadowski bicz. Ale póki co, choćby jeszcze przez chwilę, dajcie mi popływać w nolensum bo chyba mi tego potrzeba.

Chimera nie tylko we krwi

2011-12-29T08:39:00.002+01:00

Odkryłam coś dziwnego, co jest na chłopski rozum bez sensu. Nabłonek z jamy ustnej od naszych 2 pań po przeszczepie posiada gen SRY. Dla niewtajemniczonych: jedyny gen specyficzny tylko dla heterochromosomu Y.

Co się okazuje? Otóż to, co napisałam kiedyś o chimeryzmie hematopoetycznym, że dotyczy on tylko układu krwiotwórczego, okazuje się nieprawdą. Nie do tego stopnia, że zmienia nam się kolor oczu i zaczynamy widzieć wspomnienia poprzedniego właściciela naszego szpiku albo zmieniamy preferencje kulinarne... nie, nie, nic z tych rzeczy.

Natomiast okazuje się, że niewielki odsetek chorych po przeszczepie "porasta" komórkami dawcy: nabłonki pacjenta zaczynają wykazywać cechy genetyczne pochodzące w prostej linii od dawcy. Powoduje to, że w wymazie z nabłonka otrzymujemy ten sam wzór prążkowy, jak we krwi i szpiku.
Rodzi to kilka problemów:
Wszelkie izolacje DNA z nabłonków celem określenia genomu osoby po przeszczepie może dać nierozstrzygające lub błędne wyniki. Ma to znaczenie zarówno dla badań naukowych, jak i dla kryminalnych... znaczy... dla śledczych.

Kopsnę Wam pracę na ten temat, mnie osobiście zadziwia multipotencja komórek macierzystych szpiku. Tym bardziej że nie znam mechanizmu, w jaki komórki mezodermalne różnicują się w ektodermalne, ale tak właśnie jest.

Praca źródłowa: Human hematopoietic cell transplantation results in generation of donor-derived epithelial cells
http://www.nature.com/leu/journal/v19/n7/full/2403789a.html

Grudzień

2011-12-24T19:24:00.000+01:00

Ekstrakcja kreatywna

2011-12-13T15:28:00.002+01:00

Jakiś gorszy tydzień miałam. Na blogu zastój i w ogóle ciemno za oknem. Mam ochotę kupić sobie pytona (nie mylić z Pythonem) bo mi się instynkt macierzynski wyostrzył coś na jesień, ale mi facet nie pozwala.

Natomiast nie ulegajcie wrażeniu że w labie nic się nie dzieje. Dzieje się jak zawsze tylko nawet bardziej.
Na przykład dostaliśmy ostatnio próbkę w trizolu. Kto ekstrahował RNA trizolem ten wie, że nie ma w tym wielkiej filozofii. Not.
Okazało się że lab z którego dostaliśmy próbkę nie wierzył że postępowanie wg instrukcji producenta jest najlepszym wyjściem i pichcił RNA metodą "goździkowej"- bo ktoś doradził im lepiej.
Efekt był taki że sam lizat wyglądał jak gówno w lesie, RNA po izolacji da się rzucać po ścianach bo ma konsystencję żelu, a w Real-Timie ilość niepofragmentowanego genu housekeeping jest kilkukrotnie niższa niż w naszych ekstraktach.
Naprawdę instrukcja została opracowana na bazie godzin pracy wielu osób, które testowały setki warunków by wybrać najlepsze. Oczywiscie można przepis modyfikować, ale stosując jakieś kryteria oceny, czy taka modyfikacja polepszy albo pogorszy jakość...

Autopolemika: po cholerę ci człeku specjalizacja?

2011-11-26T12:23:00.001+01:00

Przemyślałam sprawę tegorocznej specjalizacji z LDMu, przeczytałam 3 płaczliwe wątki na forum dr Gernarda i doszłam do wniosków, które mnie samą zdziwiły. Zdziwiły bo może kiedyś sama zdecyduję się na speckę (z LGM a nie z LDM). O co chodzi w telegraficznym skrócie?
1. Mocno wkurzyły mnie komentarze o tym, jakich to przyczyn biedne pokrzywdzone analityczne żuczki upatrują w słabym wyniku egzaminu: "to wszystko przez nie-analityków, to ich jest pełno na specjalizacji i to oni nie zdają i zaniżają wynik!". No żesz kurdesz. Wpadam w berserk jak słyszę takie bzdety. Mniejsza o to, że sama olewam ciepłym moczem kwestie badania ogólnego moczu a kwestia regulacji hormonalnej podnosi mi tylko adrenalinę. Ja nie muszę, a nawet nie powinnam, sobie w mózgu robić papki wartościami referencyjnymi, gdy bardziej przydatne mi są translokacje chromosomowe czy, jak ostatnio, molekularne mechanizmy odporności immunologicznej. Chcę być fachowcem w swojej dziedzinie, a nie jakąś pieprzoną encyklopedią analityki medycznej. PWZDL to bezsens w odniesieniu do mikrobiologów (których POWINNO się rekrutować z biologów), toksykologów (którzy POWINNI być chemikami) i cytogenetyków, biologów molekularnych (którzy POWINNI być rekrutowani z biotechnologów) w najlepszym interesie pacjenta i pracodawcy.
2. Pojawiły się na cytowanym blogu komentarze już-specjalistów, że są rozczarowani, bo ani piniondza nie dostali więcej, ani prestiżu, a niektórych wręcz wykopano z roboty, bo mają lepsze wykształcenie niż ich byli szefowie. Brutalna oczywistość jest taka, że przysłowie "mierz siły na zamiary" dotyczy w tym przypadku nie tylko sił intelektualnych, ale także sytuacji zawodowej. Po cholerę specjalizacja komuś, kto wie, że na nic mu się ona nie przyda poza satysfakcją? Po co tytuł dla samego tytułu? Biedni naiwni diagności myślą, że nagle ich pensja wzrośnie trzykrotnie, a lekarze zaczną się kłaniać w pas! Ha. To nie tak.
3. Szczerze mówiąc kryteria na specjalizacje powinny być inne: mniej (o połowę) osób powinno się w ogóle dopuszczać do tej prestiżowej (co by nie mówić o jej obecnym kształcie) ścieżki kariery. Rekrutować powinno się ludzi, którzy coś wniosą do dziedziny: którzy mają zasługi np. we wdrażaniu polityki jakości, którzy np. np.są audytorami, którzy prowadzą badania naukowe i publikują, którzy potrafią przedstawić jakieś dowody na to że faktycznie kształcą się ustawicznie, i to nie postaci certyfikatów z konferencji, bo wielu idzie się tam po prostu nażreć i zgarnąć ulotki.

Mogę tak pisać i pisać chociaż nie ma to żadnego sensu. No może poza tym, że się uzewnętrznię.

Listopad

2011-11-24T22:30:00.000+01:00

Sposób na specjalistę

2011-11-20T21:37:00.001+01:00

Jak oblać na egzaminie specjalizacyjnym jak najwięcej osób? Szanowna Komisja układająca pytania doskonale sobie z tym radzi i z roku na rok ma w tym większą wprawę: kilka dni temu miała miejsce kolejna sesja egzaminacyjna z LDM i okazało się, że zdawalność jest na poziomie 23%. Co to oznacza? Stado nieuków ze zbyt dużą ilością czasu i pieniędzy? Chyba jednak problem leży gdzie indziej. Problem leży w tym, że pewien życzliwy dydaktyk zaczął specjalizantów świetnie kształcić w rozwiązywaniu testów na LDM, nawet przy tak paranoicznych warunkach*, w jakich test jest serwowany. W związku z tym Komisja musiała się nielicho namęczyć, żeby mimo wspaniałego przygotowania oblać taką rzeszę diagnostów laboratoryjnych. Gratuluję komisji. I przy okazji gratuluję tym, którzy się nie poddają, za to samozaparcie które wciaż ich stymuluje.*Paranoiczne warunki: pytania wielokrotnie złożone z zagnieżdżonymi zaprzeczeniami, pytanie wymagające obliczania w pamięci, wreszcie pytania BEZ poprawnej bądź jednoznacznej odpowiedzi, pytania z błędami... a do tego ilość czasu dawana kandydatom na przeczytanie, zastanowienie się i odpowiedź na pytanie <2 minut. Jeśli to jest normalne, to ja wysiadam na najbliższym przystanku.

Heterochromosomy...

2011-11-19T19:02:00.001+01:00

Zajęcia na SPAMie czasami są fajne. Szczególnie zaraz po egzaminie, w sobotę po 16:00, kiedy jest już ciemno i każdy najchętniej wskoczyłby w ciepłe kapcie w domciu.
...

Próbowaliśmy sobie analizować chromosomy na papierze, potem, FISHe i inne GTG.
Doszło do techniki barwienia kwinakryną (w celu odróżnienia Yków głównie się je mstosuje).

Prowadzący: czy już wszyscy się przyjrzeli temu Y-kowi?
Sz. (nasz męski rodzynek na roku): ja jeszcze nie widziałem!
Koleżanka: Sz., ty masz swój, nie musisz innych oglądać!
Sz.: Ale ja chcę!
Kumpela: Aha, przyznaj się! Chcesz porównać czy twój Y-grek jest taki sam długi jak ten pod mikroskopem!

[i tu zaczęła się cała seria sprośnych dowcipów]

Świąteczne modyfikacje na stronie

2011-11-11T22:32:00.001+01:00

Zaadoptowałam sobie nietoperza. Bo jest fajny.Poza tym wkleiłam logo dbio.pl na samiutkiej górze strony jako mojego partnera, bo tak.Protesty słać można. Pewnie i tak nic się nie zmieni, ale można :)

Prasówka

2011-11-09T20:08:00.002+01:00

Jako, że nie mam czasu i chęci, podkarmię was linkiem do fajnego artykułu z Wyborczej. Z profesorem Jaskólskim miałam przyjemność na zajęciach, długo mi się potem kłaniał na korytarzu w IChB - naprawdę wspaniały naukowiec i wyrazista osobowość.W zasadzie dziś tyle mam do powiedzenia :)

Mieć węża w... komputerze

2011-11-03T23:25:00.001+01:00

Wąż Eskulap zamieszkał w naszych kompach laboratoryjnych i ta wredna żmija oślizgła wije się teraz w każdej pracowni, uprzykrzając nam życie. Chodzi konkretniej o nasz kochany system informatyczny. Można by powiedzieć, że w pracy całymi dniami gramy w węża, który niechybnie zmierza ku zjedzeniu swojego ogona tym szybciej, im jest dłuższy.Szkoda gadać, mam wrażenie że cały lab zatruł się jadem mendowatego gada i teraz choruje na ciężką odmianę biurocratia mortalis. Chwała informatyzacji (jej mać)!

Doktoraty międzynarodowe, czyli ściema kontrolowana

2011-11-02T21:02:00.001+01:00

Dawno, dawno temu nie dostałam się na Śląsk na pewien dobrze płatny, międzynarodowy doktorat molekularno-onkologiczny. Kiedyś coś tam wspominałam, ale temat czas odgrzać niczym stary kotlet. Moja dobra kumpela bowiem ostatnio też się nie dostała na fajny projekcik, dowiadując się nieoficjalnie że może by została przyjęta, ALE...
Z kolei mam innego kumpla, który się dostał...
ALE...

... ALE zacznijmy od początku.

2 lata temu złożyłam papierki na phD za 3500zł mc. Fajnie. Rekrutacja miała być 2-stopniowa (ocena podania a potem ustny dla wybrańców), do tego były 2 miejsca dla Polaków i 1 dla innostrańca.
Okazało się, że dziwnym trafem nie było w ogóle 2-go etapu, wyniki ogłoszono dość pokątnie, a co ciekawe dwaj przyjęci Polacy robili wcześniej magisterkę w jednostce, która rekrutowała. Dziwne, nie? Akurat oboje wybitnych, najlepszych kandydatów broniło magistra w tym labie! No ale to pewnie zrządzenie losu...

Dopiero jakiś czas temu kumpel wyklarował moje wątpliwości: otóż robił on phD od roku za darmo, ale zrobili z promotorem jakiś hokus-pokus i nagle kumpel wylądował na 2-gim roku ale już na doktoracie międzynarodowym...

A teraz moja koleżanka, wierząc w ideały i równość społeczną, prawo, sprawiedliwość i w ogóle, także złożyła- była na rozmowie, po czym dowiedziała się nieoficjalnie, że nowy doktorant był z góry ustalony, a rekrutacja to ściema. Zwykła ustawka i sprzedawanie meczów.

Cóż mogę rzec tym, którzy liczą na doktorat za godziwe pieniądze? Jest przecież tyle TEAMów, Kapitałów Ludzkich itd... Powiem tak: jeśli nie macie "dogranego" projektu to macie małe szanse na dostanie się. Zdradzam tajemnicę poliszynela i znów poruszam temat tabu ale... tak właśnie w Wolsce naszej jest. Aczkolwiek na pocieszenie powiem, że mam też znajomą która dostała się na taki doktorat od razu, za to ja dostałam drugą szansę bo ktoś z kandydatów w tym samym programie phD (ale do innego projektu) zrezygnował i był wakat dla mnie.

Jak już może wiecie albo i nie, wypięłam się i odmówiłam wtedy jednemu z bardziej wpływowych ludzi w diagnostyce genetycznej w PL. Bez łaski.

Kłody pod Nogi Nauki : typujemy wybitnych przeszkadzaczy!

2011-10-26T20:00:00.003+02:00

Polecam uwadze wszystkich pracowników instytucji naukowych poniższą inicjatywę:

http://sceptycy.org/?page_id=30

Ślijcie nominacje, a nuż ktoś z waszych przeszkadzaczy wygra i zostanie sławny :)

Październik

2011-10-25T21:55:00.002+02:00

Cytologiczny atlas hematologiczny

2011-10-24T21:19:00.003+02:00

Tytuł: Cytologiczny atlas hematologiczny
Szczegóły: język polski, wydanie I, 1999, 142 strony
Autorzy: Krzysztof Lewandowski, Andrzej Hellman
Wydawnictwo: Via Medica Gdańsk
ISBN: 83-86899-52-2
Cena: Na allegro czasami w cenach horrendalnych
Dostępność w Polsce: Prawie nie do kupienia. nakład wyczerpany ;( Bardzo rzadko można złowić na allegro. Atlas dostępny dość powszechnie w bibliotekach jednostek akademickich.

Recenzja:
Ja tu piszę o jakichś zagranicznych atlasach, a w końcu Polacy nie gęsi i swój Atlas mają. W zasadzie mają już trzy (licząc ten z1993 i z 2011), chociaż jestem dość zawiedziona tym najnowszym ze względu na formę wydania (zeszyt kołowy za ponad stówę???). Dlatego nowy "zeszycik" omówię kiedy indziej i wrócę do atlasu uważanego w PL za kanon, czyli do świetnego opracowania popełnionego przez mojego.... Albo nie, nie zdradzajmy się... Przez dwóch znanych i bardzo szanowanych profesorów hematologii. Nawet nie wiem co mam napisać żeby nie wpaść w truizmy. To po prostu trzeba mieć. A niestety nie można mieć bo nakład jest wyczerpany a nieliczne sfatygowane egzemplarze krążą po antykwariatach i portalach aukcyjnych za niesamowite pieniądze. Wracając do meritum: opisać wszystkie formy komórek układu krwiotwórczego na papierze tak, by laik który zaczyna oglądać preparaty zobaczył to wszystko, co zobaczyć w nich powinien, to prawdziwa sztuka. naczelna zasada: nie zniechęcić - tutaj doskonale została wcielona w życie. Dużo ilustracji, ładne przykłady... troszkę gorsze zdjęcia niż w atlasie amerykańskim, ale wszystko widać klarownie. I chyba o to chodzi?
Podstawowa przewaga tego atlasu dla rozpoczynającego pracownika laboratorium jest ewidentna: poza MGG jest tu sporo zdjęć innych barwień cytochemicznych, ponadto na końcu książki zamieszczono przepisy na poszczególne barwienia. Dla mnie bomba.
Jedyny mankament (innych chyba nie ma) jest taki, że niektóre informacje lekko trącą myszką (12 lat w hematologii to ogromny szmat czasu i nowej wiedzy!) więc zmieniły się schematy diagnostyczne np. dla AMLu czy też wzrosła waga cytometrii przepływowej w charakteryzowaniu ALL'i - podział na L1,2i 3 jest już raczej traktowany jako marginalny (chyba właśnie naraziłam się przełożonym za tę tezę :)).

Ocena w skali 1-10:
a) Merytoryka 9 (miejscami już nieaktualny choć może się czepiam)
b) Oprawa graficzna 6
c) Przystępność dla odbiorcy 9
d) Cena/jakość n/d

Mój komentarz:
Jeśli znajdziecie, kupujcie. Jak nie znajdziecie, są jeszcze półlegalne kopie. Nie wspominałabym o nich, gdyby była jakakolwiek realna szansa znalezienia oryginalnej książki. A tak trzeba się jakoś ratować, albo słać do autorów prośby o wznowienie wydania :)

Color Atlas of Hematology. Practical Microscopic and Clinical Diagnosis

2011-10-23T23:01:00.001+02:00

Tytuł: Color Atlas of Hematology. Practical Microscopic and Clinical Diagnosis
Szczegóły: język angielski, wydanie II 2004, 208 stron
Autorzy: Harald Theml, Heinz Diem, Torsten Haferlach
Wydawnictwo: Thieme
ISBN: 1588901939
Cena: 40 USD (ok. 130zł)
Dostępność w Polsce: zerowa. Istnieje możliwość nabycia wersji drukowanej i elektronicznej na Kindla za ok. 4o USD w Amazon.com

Recenzja:
Uwielbiam uczyć się o hematopoezie z tej książki. Nie potrafię wytłumaczyć czemu, ale pasuje mi przyjęty w tym opracowaniu układ. Mimo że jest ono po angielsku, w niczym nie przeszkadza to osobie choć trochę obeznanej z tematem. Nie mam nic do zarzucenia najpopularniejszej (i najlepszej) na polskim rynku pozycji wydanej przez prof. Lewandowskiego i Hellmana, jednakże... recenzowany atlas ma ładniejsze zdjęcia preparatów. Jest w nim jakaś prosta estetyka i spójność, która naprawdę angażuje czytelnika. Jedyne, do czego mogę się przyczepić jako Polka, to inne jednostki, jakimi posługują się przy określaniu ilości komórek (zamiast giga na litr - mega na litr) ale to w zasadzie nie przeszkadza, jeśli wiemy o czym mowa. Dla nieanglojęzycznych przeszkodą może być też język obcy i skróty angielskie, ale z odpowiednim słownikiem można spokojnie przejrzeć zdjęcia, bo naprawdę warto.

Ocena w skali 1-10:
a) Merytoryka 9
b) Oprawa graficzna 8
c) Przystępność dla odbiorcy 5 (ze względu na język, nie na ciężkie pióro pisarza)
d) Cena/jakość 7

Mój komentarz:
Warto mieć, albo chociaż mieć dostęp do książki przez bibliotekę lub laboratorium. Prawidłowe rozmazy krwi są nudne, ale oglądanie nieprawidłowych to jak rozwiązywanie krzyżówki. Sprawia frajdę, nawet jeśli analizowane są na zdjęciach.

Przychodzi facet do...apteki

2011-10-22T22:01:00.002+02:00

Dziś będzie off-topic. Klimaty aptekarskie.

Michał oznajmia raz jeden w labie:
-Idę po farmaceutyki do apteki, zaraz wracam.
Wraca uchachany i z dumą komunikuje:
-Panie w Aptece się skonsternowały. Kupiłem paracetamol i poprosiłem o największą gruszkę laryngologiczną jaką miały na stanie.
Zapytały z wahaniem, po co mi to, a ja im na to że po to, do czego się normalnie stosuje takie gruszki.
-...?
-Do przedmuchiwania matrycy w lustrzance.

Jego przypadek nie był odosobniony, skojarzyłam to z sytuacją mojego dobrego kumpla, który miał bardziej jeszcze egzotyczne zachcianki...

Przychodzi kumpel do apteki, wprowadzając panie farmaceutki w lekką konsternację:
-Dzień dobry. Poproszę żel dureksa, tak, ten czerwony rozgrzewający. I do tego wężyk silikonowy, strzykawkę i końcówkę od cewnika.
-... żel durexa... STRZYKAWKĘ i CEWNIK? O_o ... I... będzie pan to stosował, że tak powiem... razem?
-Nie no, co też pani! Hamulce będę odpowietrzać. A żel no to wie pani... normalnie. Aż takiej wyobraźni to ja nie mam...

Zamawiana klapa

2011-10-22T21:37:00.001+02:00

Taka prasówka, już jakiś czas temu opublikowana przez Wyborczą.
Tak jak kilka razy sygnalizowałąm, kierunki zamawiane to wyrzucanie pieniędzy w błoto. Nie wiedziałam że jest aż taktragicznie- wygląda na to że pieniążki ze stypendium najwyraźniej zamiast przeznaczyć na książki, studenci przepili. No bo JAK MOŻNA NIE SKOŃCZYĆ LICENCJATU NA CZAS? Ech.

http://wiadomosci.gazeta.pl/wiadomosci/1,114883,10454741,_Kierunki_zamawiane__spektakularna_kleska__Wpadka.html

Kiedy świat wywraca się do góry nogami

2011-10-19T22:29:00.000+02:00

Jak to jest, że wszelkie zmiany życiowe, jeśli już następują, robią to nagle i nacierają stadami.
Człowiek już sobie myśłi, że zarobkowo założy hodowlę robali na wsi (SIC!), a tu nagle znajduje pracę w zawodzie i to taką, której nie mógłby sobie wymarzyć jako zwykły absolwent bio-techu.

...

Człowiek siedzi i pipetuje, obrażony na cały świat, że go nie przyjęli na phd, że zostanie szarym laborantem bez szans na jakiekolwiek zmiany, zaczyna si jużę bać że szybciej cycki oklapną mu (jej?) do podłogi niż podwyższy się jego (jej?) samoocena, a tu nagle Rektor (JM?) śle liściki że zmienia zdanie i podmiot liryczny będzie doktorantem (może nawet doktorem?). Do tego dodać należy propozycję redakcyjną dbio, a potem już będzie z górki: pisanie o granty, ślub (argh), kredyt mieszkaniowy na pincet lat, pisanie o granty, dzieci, pisanie o granty... . I jeszcze Palikot w rządzie :) Nosz normalnie masakra.

Ps. Planuję wyjazd na Madagaskar lub Borneo. Jak ktoś zna dobrą firmę albo sam był, proszę o cynka, bo głupio by było stamtąd nie wrócić :)

Bomby Z labu

2011-10-10T16:27:00.000+02:00

Lab jest fajny. Szczególnie zaś fajny, gdy przyjdzie suchy lód.
Sublimat CO2 jest używany w różny sposób:
*Michał podkłada ludziom eppendorfki z suchym lodem do szafek, tak żeby wybuchały w najmniej oczekiwanym momencie.
* Kiedyś udało nam się ściemnić pomoc laboratoryjną, że zlew w którym mgła z sublimatu zakryła odpływ należy do nowej technologii "zlewów bezodpływowych" (!)
*Przerabialiśmy już też wykorzystywanie owego materiału poza labem do chłodzenia drinków (z bardzo efektowną mgiełką). Piwa nie polecam tak chłodzić!
*Był też w użyciu podczas produkcji zdjęciowo-filmowej...

*I coś z serii "niebezpieczna acz bombowa zabawa"- ładowanie suchego lodu do musujących napojów. Możecie poszperać po jutubie, jest tam sporo materiału instruktażowego. Nie zalinkuję, żeby nie było że propaguję takie zabawy, aczkolwiek tak my jak i nasi znajomi testowaliśmy i było bombowo...

Legendarne 16-em-kwadrat

2011-10-06T07:48:00.000+02:00

Wczoraj było u nas pełno Gadających Głów. Biba z okazji otwarcia nowego budynku szpitala, albowiem ze starego wywaliło nas miasto. Nowy budynek jest, piękne słowa padły, był nawet pan Schetyna (a nie jak przewidywano pani Kopacz) i coś powiedział bo trzeba.
O podział nowego budynku batalia toczyła się zanim jeszcze wykopano fundamenty. Nasz oddział i nasz lab desperacko miejsca potrzebuje, ale jakoś nikt nas nie kocha. A już o tym, na jakiej powierzchni gnieździ się Biologia Molekularna krążą legendy w środowisku. Będzie to coś koło 16m2. Odejmując przestrzeń zajętą przez sprzęt różny- może połowa z tego.
Ostatnio co miesiąc robimy przemeblowania, starając się jakimś cudem zwiększyć ilość miejsca życiowego.

W tej całej historii najbardziej wstrząsający jest fakt, że znajomi z różnych labów* często uważają, że nie jest wcale tak źle. Zastanawiam się jaką przestrzenią oni operują, skoro u nas nie jest źle...

*chociaż niektórzy mają luksus pracy na 3 pomieszczeniach po 20+ m każde. Tak powinno też być: pokój "brudny" do izolacji, pokój czysty, pokój biurowy. Ech... marzenia.

Wolne blogowanie

2011-10-02T07:27:00.001+02:00

Będę blogować wolniej. Znaczy... rzadziej. Ma to związek z planowanym redaktorowaniem w zaprzyjaźnionym portalu dbio.pl . Zapewne przyczyni się do tego również drugi (oby ostatni) rok SPAMu (podyplomowej analityki) oraz to, ŻE ZACZYNAM SIĘ DOKTORYZOWAĆ*!

Moje nieliczne grono mniej lub bardziej stałych czytelników przepraszam, jeśli nie będzie co u mnie poczytać, jednocześnie zaś zapraszam na dbio.pl , gdzie przeniosę sporą część moich sił twórczych.

Reszta sił twórczych prawdopodobnie zostanie pochłonięta i wymięta przez SPAM, który zaczyna się ZNÓW z początkiem października.

Do poczytania za jakiś czas!

* Z doktoratem były drobne przeboje- w zasadzie to się nie dostałam, ale potem jednak okazało się że się dostałam. Ta uczelnia wie jak człowieka zdołować po czym daje mu takiego power tripa, że trudno się przez kolejne dni ogranąć.

Na pół jaja

2011-09-27T18:48:00.000+02:00

Dostałam dziś nietypową misję.
Siostra bliźniaczka ma być dawcą. Jest podobna do biorczyni kropka w kropkę, do tego jest zgodna z nią całkowicie w układzie HLA. Zaszło więc podejrzenie że są to bliźniaczki jednojajowe.

Czy jest to jakiś problem w transplantologii? O dziwo owszem. Z nie do końca wiadomych powodów, przeszczep tzw. syngeniczny daje gorsze efekty antybiałaczkowe niż przeszczep od nieidentycznych osób. Hipotezuje się tak: odradzający się układ immunologiczny dawcy rozpoznaje nieprawidłowe komórki obce lepiej, niż gdyby to były komórki identyczne genetycznie, co jego własne. Następnie wytycza przeciwko nim ciężką artylerię nazywaną "efektem GvL", czyli Graft-vs-Leukemia, Przeszczep-przeciwko-Białaczce.

No więc sprawdziłam kilka mocniejszych markerów polimorficznych i okazało się (na szczęście dla biorczyni), że bliźniaczki jednojajowymi nie są.
Michał stwierdził nawet że "one co najwyżej na pół jaja są".
I faktycznie: różniły się, ale zawsze tylko pojedynczym z dwóch alleli.

Wrzesień

2011-09-24T17:12:00.001+02:00

Co ma piernik do wiatraka, czyli analizy genomowe książek

2011-09-22T22:37:00.002+02:00

Uwadze wszystkich, nie tylko bioinformatyków i bio-moli polecam niezwykłą prezentację TEDowską, dostępną pod tymże postem.

O co chodzi?
Paru jajogłowych z kilku przodujących uczelni technicznych z USA doznało olśnienia. Jest sobie genomika. Jest transkryptomika, proteomika. Metabolomika. A co z memami? Z kulturą? Zgodnie z dawkinsowską teorią memów róznorodność genetyczna nie kończy się na genomie! To kim jesteśmy to coś więcej niż "mięso". To także kultura, w której się kąpiemy (czasami toniemy) od urodzenia.
A więc panowie wymyślili, jakby tu zmierzyć narzędziami zarezerwowanymi wcześniej do analizy genomów naszą spisaną kulturę.
Spiknęłi się w tym celu z Guglem, który (między innymi dzięki cwanej technologii Recaptcha) zaczął digitalizować książki.

Panowie zrobili coś absolutnie pięknego i innowacyjnego. Stworzyli N-grams. W wielkim skrócie zliczyli oni wszystkie słowa i zdania występujące w 5 miliardach książek, jakie dał im do dyspozycji Gugiel.
Teraz dzięki narzędziu analizy n-gramsów każdy siedząc w domu i np. popijając whiskey może spojrzeć na popularność gorzelnictwa na przełomie wieków.
Może też przeprowadzić bardziejabstrakcyjne analizy... ja dla przykładu zrobiłam drobne zestawienie, które być może zmartwi światową scenę S-F i Barta. Luke przegrywa z Davidem Icke. Ehem.

No cóż, ciemna strona mocy wygrywa, że tak powiem.

Ale dla pocieszenie mam inne zestawienie:

SCIENCE UBER ALES!

Jeden komentarz: szkoda że dane są niewiarygodne dla czasów sprzed 1800 roku (no bo książek było wtedy duużo mniej, trzeba by zastosować jakieś wagi które by to uwzględniały...). Podobnie lata najnowsze, 2000+ , są gorzej zarchiwizowane niż zbiory starsze- to logiczne, trzeba ratować to, co zalega po bibliotekach i rozpada się w rękach, zamiast OCR'ować dzieła najnowsze popkultury, które mogą poczekać.

Na koniec sam TED, który zainspiruje na pewno niejednego do radosnego dataminingu w kulturomice.

Atak chimery 2: wykopaliska kriogeniczne i portrety

2011-09-12T14:52:00.001+02:00

* Pacjent X jest chimerą i ma się dobrze. Ma się tak dobrze, że właśnie przyszedł na kontrolę po 10 latach od czasu przeszczepienia allogenicznego. I mam problem. Siedzę od jakichś 6h próbując znaleźć jego poprzednie próbki, żeby mieć z czym porównać tę wczorajszą. Zadanie jest o tyle karkołomne, że moi poprzednicy, którzy w 2002r wykonywali oznaczenia, mieli dość "interesujące" metody na opisywanie próbówek. Warto wymienić chociaby 6 kolorowych pisaków, którymi były pisane inskrypcje hieroglificzne na owych próbówkach w jakimś algorytmie zgodnym z kalendarzem Majów... Przypomina mi się klip Zheng Labu "Bad Project" i tajskie opisy eppendorfów w tymże.
Kwestia wykonania badania u pacjenta X dalej leży i kwiczy a ja razem z nią. Palce już mi odmarzły od grzebania w chłodziarce na -80, a coś czuję że będę musiała wrócić tam z łopatą i przekopać się przez zwały śniegu do najgłębszych jej czeluści.

*Pacjentka Y za to jest koleżanką mojej koleżanki i jakoś teraz zostaje chimerą [widziałam zresztą fotomontaż jej autorstwa, na którym miała tułów czapli i własną głowę- ma więc poczucie humoru]. Wymyśliłam, że zrobię jej portret DNA, żeby dziewczyna (w moim wieku) przynajmniej miała trochę radochy z tej całej bolesnej i traumatycznej przygody.
Mam nadzieję że Y nie obrazi się, że przetwarzam w celach quasi+artystycznych jej informację genetyczną bez jej wiedzy, i że przyjmie całą sytuację z optymizmem, który do tej pory niezmiennie jej towarzyszy podczas prawie roku trucia się arszenikiem...

Sanki do lamusa?

2011-09-09T21:58:00.002+02:00

Ostatnio stwierdzam, że chyba nie nadążam za zmianami w biologii molekularnej.
Wyrzucenie sanek do elektroforezy może nam nie grozi, bo agaroza czasami się będzie przydawać pewnie i za 10-15 lat, ale w zasadzie stoimy już jedną nogą w systemach automatycznych: elektroforeza kapilarna, Real-Time z sondami w multiplexie, HRM...
A to i tak jest śmiesznie manualna robota- paradoksalnie w najnowocześniejszej dziedzinie diagnostyki i topowej dziedzinie biologii i chemii człowiek dłubie jak nie przymierzając- kilkadziesiąt lat temu podczas manualnego liczenia krwinek w labie ogólnym!
Ostatnio koleżanka pracująca w labie szpitalnym, w którym nie ma warunków na typową diagnostykę molekularną uświadomiła mi, że stworzono już systemy w pełni automatyczne (!) do real-time PCR-u, które można wykorzystywać w zwykłym labie analitycznym zupełnie pomijając zabiegi izolacji kwasów nukleinowych i pipetowania (!).

Spójrzcie na to:
http://www.cepheid.com/systems-and-software/genexpert-system/

Co będzie, jak cała diagnostyka molekularna zacznie tak wyglądać?
Wydłubałam taki oto filmik qiagenowski na temat:

O leku na raka luźne przemyślenia

2011-09-04T09:32:00.002+02:00

*Ostatnio podbudowałam się moralnie tekstem Astromarychy nt. laboratoriów, jak zwykle pięknie obleczonym w grafikę w "galerii" Barta. Moim głównym zajęciem jest, drodzy państwo, ukrywanie uniwersalnego leku na raka. Za to mi płacą więc jestem ustawiona na całe życie.

*A teraz poważniej. Uniwersalny Lek na Raka (ULnR) nie może istnieć. Rak to nie jest bakteria, na którą można wynaleźć antybiotyk. To fragment nas samych, a uniwersalnym lekiem na nas samych jest cyjanek lub kula w łeb. Może o taki lek Astromaryśce chodzi? Jeśli tak to widzę wewnętrzną sprzeczność w jej teoriach: z jednej strony podobno jakaś wszechorganizacja chce ludzkość pozabijać, z drugiej zaś zataja taki fajny sposób na ludobojstwo jakim jest ULnR...

*Doznałam ostatnio nielichego szoku, gdy odkryłam,jak wielu ludzi wierzy w te banialuki o istnieniu jakiegoś cudownego panaceum antynowotworowego. Mój facet ostatnio poczęstował mnie rewelacją, że taki lek musi dać się wynaleźć. Biolog, cholera jasna.

*ULnR to mrzonka, nadzieje na jego wynalezienie dodatkowo podsycają media niejako nakręcając całą tę paranoję. Wystarczyłoby precyzować każdorazowo, na jaki nowotwór wynaleziono nowy lek, zamiast ogólnikowo stwierdzać że "w laboratorium X wynaleziono lek na raka".

No dobra, mamy piękną niedzielę, kończę ten luźny słowotok i jadę gdzieś na rowerze, bo jeszcze zdradzę wam jakiś sekret o znanym od dawna ULnR i ktoś będzie musiał mnie zlikwidować.

Moja polemika: bankowanie DNA do celów medycznych

2011-09-01T15:21:00.002+02:00

Świeżo (no, może nie aż tak świeżo...) po urlopie wracam do tematu, który wywołał żywiołową reakcję ze strony pracownika?/właściciela? portalu EBDNA. Oto link do mojego krytycznego wpisu na temat działalności komercyjnej owej firmy.

Postaram się już bez ironii omówić punkt po punkcie co i dlaczego nie podoba mi się w tej inicjatywie i ustosunkować się do komentarzy mojego adwersarza, który zresztą także wypunktowuje kilka pożytków z działalności tego typu co EBDNA, ale...

No to jedziemy.

1. Rozdział "Powody, dla których warto zbankować DNA"
Teza 1: pewne choroby dziedziczne są dziś nieuleczalne i nie znana jest ich przyczyna- ale w przyszłości będzie możliwe ich diagnozowanie i prześledzenie u swoich krewnych, nawet tych już nieżyjących.

Mój komentarz: Owszem. Poznanie nowych chorób dziedzicznych jest bardzo realną perspektywą. Ale ale ale... w dzisiejszych czasach jeśli ktoś jest chory i podejrzewa się dziedziczną chorobę genetyczną, DNA pobiera się tak czy siak w laboratoriach medycznych- także od żyjących krewnych. Przechowuje się je przez wiele lat i TEORETYCZNIE jest ono dostępne na życzenie pacjenta. Teoretycznie- tę bolączkę wskazuje mój adwersarz i zgadzam się: ciężko jest swoją próbkę wydobyć z czeluści trzewi systemu opieki zdrowotnej.
Odwracając sytuacją: bankowanie DNA zdrowej osoby w obawie przed jakąś tajemniczą chorobą genetyczną która dopiero się ujawni jest bez sensu. Lepiej zainwestować te pieniądze w kilka badań ogólnych moczu i krwi robionych regularnie. Ustrzeże nas to przed o wiele realniejszymi zagrożeniami.
Od nieżyjących krewnych często nie da się pobrać materiału bez ekshumacji. To racja. Ale od żyjących da się pobrać DNA w każdej chwili bo nosimy je ze sobą. Korespondencyjnie nawet najdalszy krewny może przesłać nam włosy jeśli chwila tego wymaga. Sumując powyższe: robienie z igły wideł.

Teza 2: badanie drzewa genealogicznego jest usprawnione i DNA daje na tym polu ogromne możliwości
Mój komentarz: PRAWDA. Tu nie ma dwóch zdań: są pasjonaci, tropiący swoich przodków w ramach życiowej pasji. Oni na pewno skorzystają na takiej usłudze. ALE! Jeśli chcą tropić swoje pochodzenie, lepiej skorzystać z usług firmy świadczącej od razu kompleksowe usługi, czyli analizującej pochodzenie, a nie tylko wkładającej genom do zamrażarki. Chociażby dlatego, że taka firma ma opracowane własne metody izolacji, własne bufory, własne procedury przechowywania i pozyskiwania. Izolacja DNA jest tak prostą czynnością, że robią to w cenie analiz które wykonują. EBDNA nie ma za to zaplecza do analiz genomowych. Przypuszczam że firma wciąż się rozwija, więc a nuż wprowadzi do oferty usługi biotechnologiczne i bioinformatyczne analizujące genomy, wtedy schylę czoło, bo będzie to pierwsza w tym rejonie świata profesjonalna firma tego typu. Póki co jestem lekko sceptyczna bo za wcześnie by chwalić się analizą pokrewieństwa- tym bardziej że nie mam informacji, jak firma traktuje DNA mitochondrialne i jądrowe. Izoluje osobno w gradiencie? A może razem, czyniąc je mniej zdatnym do takich analiz?

Teza 3: Bank DNA pozwala nam na zachowanie kopii bezpieczeństwa bez mutacji, która powoduje raka. Dzięki temu będziemy mogli sobie porównać co się zmieniło w DNA.
Moj komentarz: większej bzdury dawno nie słyszałam! Mutacje somatyczne mają to do siebie, że dotyczą pewnego fragmentu tkanki. A więc w chwili powstania nowotworu można pobrać fragment zdrowej tkanki i porównać DNA pobrane w tym samym czasie, w tych samych warunkach i tak samo spreparowane, z podobnej tkanki. Daje to dużo większe możliwości, bo można zdecydować wtedy nie tylko o analizie DNA, ale np. także RNA, którego EBDNA nie bankuje. Słowem: argument z powietrza wzięty.

Można wyciągnąć o wiele więcej naciąganych "powodów dla których warto bankować DNA", jednak po prostu mi się nie chce dementować każdego jednego twierdzenia z istnego słowotoku reklamowego zamieszczonego na stronie EBDNA.

Są pewne sytuacje, w których izoluje się DNA.
Przykłady:
-bankowanie DNA płodów po poronieniach (robi się to rutynowo w klinikach leczenia niepłodności, często już także w przyszpitalnych pracowniach cytogenetyki w położnictwie)
-bankowanie całych tkanek nowotworowych (co się normalnie rutynowo robi na patomorfologii)
-bankowanie DNA dziecka w sprawach niepewnego pokrewieństwa (robią to firmy proponujące pełne usługi z zakresu ojcostwa)
-poszukiwanie własnych korzeni- śledzenie pokrewieństwa. Robią to wyspecjalizowane placówki zagraniczne, które lepiej widzą dostarczenie całych tkanek, np. włosów, niż izolowanego wcześniej, niefrakcjonowanego DNA.

Dlatego właśnie idea samego bankowania, bez dalszej analizy, to sztuka dla sztuki. Oczywiście są to moje poglądy. Każdy może mieć w tej sprawie inne zdanie, każdy może sam przemyśleć czy ma to sens czy nie. Nie będę upierać się że to co napisałam to prawda absolutna, po prostu z własnego punktu widzenia, będąc biologiem molekularnym z jako takim pojmowaniem genomu i procesów w nim zachodzących, mówię że oferta EBDNA do mnie nie trafia. I już.
Naprawdę radzę przemyśleć sprawę i wydać pieniądze na:
-badanie cukru i profilu lipidowego (choroby metaboliczne, gł. cukrzyca i choroba niedokrwienna serca) pozwoli ustrzec się najpoważniejszych chorób cywilizacyjnych
-morfologia szybko wskaże nam podstawowe zaburzenia hematologiczne i metaboliczne: niedobory B12, folianu, żelaza, poważne infekcje a także choroby rozrostowe i niektóre autoimmunologiczne
-badanie ogólne moczu ustrzeże nas przed zniszczeniem nerek przy infekcjach bakteryjnych, chorobach metabolicznych (cukrzyca), autoimmunologicznych, wskaże nam zagrożenie kamicą i kilkoma innymi poważnymi problemami zdrowotnymi.
Te kilka badań to koszt ok. 20zł. Jeśli zrobimy je co pół roku, za cenę zamrożenia DNA dostajemy 10 lat spokojnego snu.
Amen.

Zawsze pamiętajcie o M&M's: ŻÓŁTYM I CZERWONYM czyli o Moczu&Morfologii!

Gradient termiczny w optymalizacji PCRu

2011-09-01T15:02:00.000+02:00

Dziś post graficzny. Kiedyś obiecałam pokazać wam wynik optymalizacji warunków annealingu w termocyklerze gradientowym.

Oto jak to wygląda na przykładzie kilku amplikonów:

Od razu muszę zaznaczyć że używam dobrej polimerazy i dobrego programu do projektowania primerów*, ale tak czy siak taki gradiencik się przydaje. Omówię tu kilka przypadków.

1. Niespecyficzna amplifikacja w niższych temperaturach: pojawia się, gdy startery kleją się do podobnej sekwencji jak ta, na którą są projektowane. Zwykle produkty niespecyficzne są mniejsze niż nasza szukana- z prostego powodu, najczęsciej preferencyjnie amplifikuje się mniejszy produkt. Tę sytuacje widzimy w zasadzie rpzy wszystkich amplikonach. Im wyższa temperatura, tym mniej jest takich śmieci.
Najbardziej spektakularny przypadek mamy w amplikonie 2-gim (ścieżki 6-10). Tu de facto zależnie od temperatury dostajemy jeden z 2 "specyficznych" produktów. Zależy nam jednak na tym niższym. Musimy wiedzieć, jakiej wielkości produkt jest żadanym (jeśli nie wiemy to wpiszmy sekwencje do primer blasta, pisałam o tym wcześniej).

2. Dimery starterów- akurat nie widać tego na tym e-żelu, bo startery plasowały się na wysokości podobnej co ok. 15nt, więc poniżej granicy 50nt którą ja obrałam. Ale jeżeli są, a mamy wyraźny specyficzny produkt amplifikacji, to od razu dostajemy informację że do kolejnej reakcji należy wziąć ich o połowę mniej.

3. Za wysoka temperatura: W przypadku ostatniej reakcji w ostatniej ścieżce widać wpływ zbyt wysokiej temperatury na wydajność reakcji. Grubo powyżej temp. annealingu po prostu startery przestają łączyć się z matrycą, więc amplifikacja jest bardzo słaba.

4. Co dalej? Skoro mamy już jakoś działający PCR? W poście o optymalizacji pisałam, że kolejny krok to gradient magnezu. Do takiego gradientu bierzemy 1-2 temperatury, ktore nam się podobają. Celem jest zlikwidowanie wszelkich pozostałości niespecyficznych produktów i zwiększenie wydajności reakcji.

Firma Gie i kwestia wiary

2011-08-26T10:16:00.000+02:00

Firma Gie jest perełką wśród polskich firm biotech. Dlatego że stworzyło ją kilku "odszczepieńców", którzy, sfrustrowani odwalaniem na państwowym niewolniczej roboty za małe pieniądze, odeszli i założyli własne przedsiębiorstwo.

Wiedzieli co robią. Przez cale lata produkowali startery w jednostce naukowej (niejako finansując jej działanie), więc mieli know-how, nie mieli też problemów z utrzymaniem jakości (ba, poprawili ją pod każdym względem! w ciągu pierwszego kwartału swej prywatnej działalności).

Obecnie firma Gie zaistniała już na giełdzie, rozszerzyła działalność chyba w każdą stronę biotechu medycznego, a przy tym wciąż zaskakuje jakością i szybkością obsługi, profesjonalizmem itd.

Ostatnio w labie po raz kolejny firma Gie nam zaimponowała, co Michał spuentował z dozą niepokoju w głosie:
-kurde, zaczynam się o nas martwić. jak tak dalej pójdzie, to zostaniemy ich wyznawcami!

Pozostaje nadzieja że firma poziom utrzyma i że kolejni ludzie "z mózgiem" pójdą w ślady jej założycieli.

Ps. Staram się nie reklamowa działalności tej firmy stąd tylko inicjał. Zresztą... czy taka firma potrzebuje jeszcze reklamy?

Sierpień

2011-08-24T15:24:00.001+02:00

KITEL EPIC

2011-08-16T21:50:00.000+02:00

Zrozumieć Japończyków się nie da. Trudno mi pojąć też, dlaczego podoba mi się anime, w którym wierzący w teorie spiskowe stuknięty naukowiec wynajduje mikrofalówkę przesyłającą smsy w przeszłość i przetwarzającą banany w galaretę...

Anyway, Japończycy czasami potrafią stworzyć coś naprawdę epickiego.
O skrywanych w głębi dusz laboratoryjnych fantazjach na temat kitla-seria 'Stein's gate'!

Pamiątki z wakacji (II) - na okrągło

2011-08-13T13:39:00.001+02:00

Funty są fajne. Nie dość że całkiem wartościowe, to jeszcze prawie każda moneta różni się od poprzedniej, tyle jest róznych edycji okolicznościowych. Ostatnia denominacja była dawno, więc można spotkać monety sprzed 1980r, mocno już starte, z bardzo młodą królową i dziwnymi rewersami heraldycznymi w stylu pora w koronie (sic!).
Poza takimi dziwami są także smaczki w stylu banknotów z Darwinem i Flemingiem a także...

Mała rzecz a cieszy :) I zadbali o szczególiki, takie jak podpis na obwodzie monety ^^

Muszę się Wam przyznać, że to nie mi wydano taką monetkę, kumpel zdzierca zrobił na mnie biznes, bo za tą dwufuntówkę musiałam mu zapłacić 2,50. A więc taka helisa kosztowała mnie w sumie około 12zł!

Pamiątki z wakacji (I)

2011-08-12T12:28:00.002+02:00

Byłam w Science Museum i z wielką lubością przejrzałam kolekcje z 4go i 5go piętra dotyczące szeroko pojętej medycyny.
I mam kilka smaczków "zawodowych" :)
W ogóle mnie ta robota na urlopie nie opuściła. Przykre chyba ;]

1. ORYGINALNA? makieta by Watson&Crick 1953. Odkupiona z Cambridge :)

W komentarzu napisano, że nie całość, ale przynajmniej część blaszek pochodzi właśnie z TAMTEGO modelu wykonanego przez obu panów noblistów - widocznego np. na tym kultowym już zdjęciu:

2. Jeden z pierwszych analizatorów hematologicznych na świecie. Wraz z instrukcją. Zwróćcie uwagę na datę wydania :)

ciąg dlaszy nastąpi :)

Lipiec

2011-07-24T15:20:00.001+02:00

Blog ma wakacje (ja też)

2011-07-21T16:37:00.000+02:00

Jadę na urlop! Pierwszy dłuższy niż tydzień wyjazd gdziekolwiek od kiedy zaczęłam pracować w Klinice :)

Raduję się niezmiernie bo powoli zaczynam dostawać kręćka w robocie. Po powrocie mam zamiar znów zacząć blogować z lepszą częstotliwością, na odpowiedź czeka też komentator z EBDNA. Z ręką na sercu nie mam czasu odpisać, lecę rozmrażać lodówkę, pakować graty i rozpaczać że nic jeszcze nie gotowe.

Do przeczytania w 2 połowie sierpnia!
Em

Z trochę innej działki: Znaczenie badań genetycznych w zaburzeniach rozrodu

2011-07-18T17:02:00.000+02:00

Polecam (link poniżej) ciekawy i oparty na doświadczeniach polskich wykład prof. Latos-Bieleńskiej.
Nawet pomimo tego, że pani prof. lansuje swoją firmę- przynajmniej z klasą :)
Zresztą ma rację: CGH to bajerek.

http://www.mp.pl/wideo01/?id=731&PHPSESSID=900C8971B182457AB5E7153C1DBAFC81

Mój komentarz (polecę politycznie) jest taki:
Z każdego billboardu śmieje się do nas prezes PIS, jeden z największych orędowników CAŁKOWITEGO ZAKAZU aborcji. Taki zakaz sprawi, że także diagnostyka prenatalna weźmie w łeb. Będzie więcej dzieci z defektami rozwojowymi i załamanych par bez szans na posiadanie zdrowego dziecka. Mówiąc szczerze boję się że ustawa przejdzie.

Bądź trendy, zbankuj se DNA!

2011-07-14T09:52:00.003+02:00

Myślałam, że po sklepiku internetowym prof. Lubińskiego, w którym można kupić sobie dietę zapobiegającą nowotworom (!) nic mnie już nie zdziwi. Okazuje się jednak że srodze się mylę i "BYZNES" można zrobić na wszystkim i na niczym.

Wiecie że możecie zbankować swoje DNA? Już nie tylko spermę, krew pępowinową i pieniądze! Od dziś możecie ZABEZPIECZYĆ SWOJE DNA! NAPRAWDĘ! Co więcej, możecie zbankować DNA swojego dziadka, by po jego śmierci móc go powspominać genetycznie*! Albo swojej całej rodziny**.
Nie nie, żarty na bok...

Faktycznie w pewnych przypadkach można pokusić się o zbankowanie swoich komórek. Zdradzę wam jednak pewien sekret. Można to zrobić wyrywając sobie trochę włosów z głowy, wkładając w woreczek strunowy i chowając do zamrażalnika. Moja inwencja wymyśliłaby jeszcze ok. 100 innych sposobów na założenie banku DNA, ale nie będę ich zdradzać bo może sama jakiś założę i będę trzepać kasiorę.

Firma przechowuje DNA przez 40 lat, żądając za to jedynie kilkuset zł. Bagatelka!
Pytanie brzmi: po co? W tej chwili nie ma to żadnego sensu. Do celów sądowych można ekshumować zwłoki, do celów medzcznz spersonaliyowanej... zacznie się taka procedura przydawać za jakieś 20-50 lat. Ewidentne choroby 1-genowe można prześledzić w rodzinie na podstawie cech klinicznych, a te rzadsze i wielogenowe umykają nam póki co tak czy siak.
Chyba najbardziej oczywista odpowiedź na pytanie "po co" brzmi: dla szpanu.

*Na przykład by móc przejąć spadek jeśli ktoś podważy że jesteście jego wnukami.
** By móc zamienić ploteczki z sąsiadką, kto kogo z kim zdradzał.

Źródło obrazka:
http://www.chrismadden.co.uk/genetics/geneprinter.html

Badanie przedmiotowe

2011-07-11T10:38:00.000+02:00

Michał:
-kurde, za każdym razem jak wpadam do poradni z wynikami, zawsze jakiś pacjent jest na golasa
Ja:
-ciesz sie że nie pracujesz na gastroenterologii...

Czerwiec

2011-06-24T16:36:00.000+02:00

Niezapowiedziana kontrola

2011-06-18T07:34:00.002+02:00

*Dostaliśmy ogłoszenie, że zapowiedziana została niezapowiedziana kontrola SANEPIDu. Trzeba było powynosić kartony, założyć klapeczki laboratoryjne zamiast sandałków, wynieść jedzenie do socjalnego...takie tam.
Przy okazji sprawdzania nieoznakowanych "biohazardem" chłodziarek znaleźliśmy w jednej z naszych lodówek krew o ciemnym odcieniu rdzawozielonym, której w owej lodówce jeszcze 2 dni wcześniej nie było (i nigdy być nie powinno...). Ciemnozielony odcień oznaczał spore przekroczenie jej przydatności do czegokolwiek. O jakieś 2 lata.
Nikt się nie przyznał do znaleziska chociaż śledztwo jest w toku.

W skrócie

2011-06-15T18:51:00.000+02:00

Jednostki chorobowe w żargonie medycznym są często skracane do akronimów. Mamy więc AML'e (ostre białaczki szpikowe), CLL'e (przewlekłe limfoblastyczne), MM (szpiczaki), MPD (przewlekłe zespoły mieloproliferacyjne) itd.
Czasami pacjent ma pecha, gdy okazuje się że jest tzw. "ciekawym przypadkiem".
Mamy w klinice spore zamieszane spowodowane przez pewnego delikwenta. Przeszczepiany będzie ale... nie wiadomo na co dokładnie.
Wpada do labu Michał. Triumfalnie obwieszcza:
-Już wiem co dolega pacjentowi X!
-Hę?
-Ma Cha-Wu-Ce.
-...
...
...
Masz na myśli... że jest chory na... Ch*j Wie Co?
-Dokładnie.

The legend of heparyna

2011-06-10T22:34:00.003+02:00

Mieliśmy w labie pewne zamieszanie co do materiału zagranicznego dawcy, który dostaliśmy na heparynę. Ten epizod pozwolił mi wpaść na trop kolejnego labo-mitu (wcześniej było o bromku o tu).
Wzięłam na warsztat dogmat diagnostyczny nr 1: Krew "na molekuły" pobieramy na EDTA bo TAK. Heparyna to już w ogóle tylko do kosza na śmieci a cytryniany są słabe i tyle. Ale czemu? No że hepa inhibuje PCR... ale jak? Przecież podczas izolacji DNA wszelkie organiczne resztki lądują albo w przesączu kolumny i są wywalane, albo we frakcji organicznej podczas izolacji kwaśnym fenolem i jak wyżej, są wywalane. Hirudina za to jest trawiona przez proteinazę.
Skierujmy się ku źródłu:
Beutler E, Gelbart T, Kuhl W. Interference of heparin with the polymerase chain reaction. Biotechniques 1990;9:166
Jung R, Lubcke C, Wagener C, Neumaier M. Reversal of RT-PCR inhibition observed in heparinized clinical specimens. Biotechniques 1997;23:24-28

Stare jak świat prace, na pewno dobre. Na ich (i im podobnych) kanwie powstał DOGMAT.
Ale jest też pińcet innych, nowych i starych prac, które zadają kłam temu twierdzeniu (odsyłam w PubMed)

Jak więc powstał mit antyheparynowy? Otóż... obecnie do 99,9% zastosowań używa się wyizolowanego DNA. Takiego, które jest obtrawione proteinazą, traktowane stężonym alkoholem, solami, a może także wiązane na kolumnach i odpłukiwane od zanieczyszczeń organicznych. Co się wtedy dzieje z heparyną? To samo co z innymi śmieciami lizatu- jest odpłukiwana/ekstrahowana- usuwana.
No więc drogie panie i drodzy panowie, czyżby MIT OBALONY? Za chwilę przekonamy się że nie do końca, bo czasami używa się krwi pełnej bądź nie poddanego stosownej obróbce.

A zatem: dlaczego EDTA?
Chyba dlatego, żeby mieć jakiś standard postępowania. Żeby każdy wiedział jaką próbówę chwycić, a nie zastanawiał się po raz fafnasty "na co pobrać?".
A TAKŻE DALTEGO ŻE JAK WSPOMNIAŁAM WYŻEJ, są assay'e (eseje?), które operują na lizacie krwi pełnej kub np. surowicy czy osoczu. A to oznacza, że heparyna nie jest odmyta i jest potencjalnie inhibitorem. A więc EDTA jako złoty standard także po to, żeby podczas wykonywania tych 0,01% oznaczeń nie było pomyłek. Cytrynian albo CDA w razie konieczności też można użyć bez obaw.

A więc można by uznać jednak że mit jest prawdopodobnie prawdziwy, albo częściowo prawdziwy.
Żeby sprawdzić go eksperymentalnie próbowałam puszczać kilka PCRów na lizacie i efekty były hmm... marne. I to na obu: i na heparynie i na EDTA. A zmieniać protokołu mi się nie chce żeby zaczęło działać, więc wracam do metody "wraz z izolacją DNA". Lizat sucks.

Ps. post został edytowany- słusznie wytknięto mi że blednie traktuję heparynę jak białko. niemniej jednak tok rozumowania miałam dobry :)
dzięki za wytknięcie błędu.

Pierwsza krew

2011-06-07T21:58:00.001+02:00

Pisałam jakiś czas temu, że mam fobię na punkcie pobierania krwi i zastrzyków.
Otóż chyba mogę uznać ją za niebyłą.

Jutro zaczynam praktyki w labie ogólnym i ponieważ wydaje mi się, że to siara pracować od 1,5 roku na hematologii i uciekać od pobieralni, postanowiłam się przełamać.
Umiem już ze stoickim spokojem dać się pobrać, a dziś pierwszy raz sama kłułam.

Mój facet (:*) z duuuużymi oporami podłożył mi łapę (nieopatrznie sypnęłam się, że uczę się pobierać z youtuba i trochę wypeniał). Aż się sama spięłam i z dużymi oporami wsadziłam igłę drżącą ręką. O dziwo poszło jak z płatka więc rozochocona nakłułam jeszcze sublokatora, a potem Melante, której żyły niestety nie chciały się ujawnić i odmówiły współpracy. Skapitulowałam co prawda, ale i tak uważam całą dzisiejszą akcję za sukces.

Mam nadzieję jednak że nie zostanę naczelnym nakłuwaczem (czyt. frajerem) w labie, gdy pod nieobecność technika przyjdzie pacjent na pobranie.

Lovin' these days...

2011-06-06T15:41:00.000+02:00

Zwykłam mawiać "nienawidzę kochać takich dni". W taki dzień jak dziś wszystko wydaje się iść po mojej myśli, to co się komplikowało nagle zaczyna się prostować i nawet ludzie wydają się być jacyś ludzcy...

Ogólnie rzecz biorąc mam ze 4 pozaczynane merytoryczne posty, których nie mam czasu dokończyć, bo tyle się dzieje (zamiast tego karmię was pierdołami "na przeczekanie").
Zmiana mieszkania, koniec roku akademickiego na SPAMie i egzaminy, praktyki, organizowanie wakacji, nieudolne próby wyrobienia kondycji i latanie z papierami po dziekanatach (po co to powiem po fakcie)... nie mam siły, czasu i chęci dokończyć pisania swojej mini publikacji, a co dopiero przysiąść fałdów nad blogiem...

Tak czy siak cierpliwości, wrócę jakoś w lipcu. A może w 2-giej połowie czerwca.

Short communication

2011-05-30T17:38:00.000+02:00

-Pani Gosiu, przegląda pani próbki po odwrotnej transkrypcji?
-Taaaak.
-Ma pani tam może Kwiecień?
-Nie, nie kojarzę nawet takiego nazwiska...
-Ale kojarzy pani taką nazwę miesiąca?
-...

Jak szybki jest Taq? (czyli spektakularne wyliczenia totalnie bez sensu)

2011-05-27T09:59:00.000+02:00

Nasz Taq wg producenta "porusza się" po DNA ze średnią prędkością 3000pz na sekundę. Zachciało nam się sprawdzić, jaką odległość pokonuje w godzinę.
1pz to ok. 3 angstroemy. Czyli mniej więcej 3x10^-10 metra.
Przeliczmy na godzinę: 3x3000x10^-10 m/s= 9x10^-10-4/(1/360) mm/h= 0,009x360= 9,9mm/h. I to jest fakt! Polimeraza, takie tyci maleństwo przelatuje po DNA niczym superszybka chińska kolej! Ale te milimetry jakoś tak słabo wyglądają...

Przeliczmy to na długość samochodu osobowego, żeby wyglądało lepiej!
Załóżmy że typowe auto ma 3m, a polimeraza 140 angstoemów (dane krystalograficzne mówią o odległości centrów katalitycznych o 70A więc przyjmę z grubsza 2x tę wielkość).
Jechane: przeskalujmy 9,9 razy wielkość osobówki: 150x10^10A
14,8x10^10mm/h=14,8x10^4 km/h
A więc gdyby polimeraza miała wielkość samochodu osobowego, rozwijałaby prędkość 165 TYSIĘCY KILOMETRÓW NA GODZINĘ!

A teraz powiem wam czemu te obliczenia są bez sensu: nie został uwzględniony współczynnik tarcia jeśli mowa o poruszaniu się po drodze/szynach, albo lepkość, siły jonowe i tarcie w roztworach wodnych. I nawet nie chcę nawet myśleć ile ATP musiałoby pożerać takie cudo.

Maj

2011-05-24T21:14:00.002+02:00

Muzycznie filozoficznie

2011-05-24T21:05:00.002+02:00

*"Upadamy wtedy gdy nasze życie przestaje być codziennym zdumieniem" - tak śpiewa Myslovitz i ta sentencja stała się moim mottem gdy tylko pierwszy raz ją usłyszałam.

*Zdałam sobie sprawę przed chwilą, patrząc w kalendarz, że popełniłam dziś w labie spore "fopa". Nie zauważyłam tego w ogóle, bo miałam dziś moment "codziennego zdumienia", gdy odkryłam że z mojego nie do końca udanego eksperymentu coś jednak da się wycisnąć do zgrabnego brief reporta. Wszystko dzięki pewnemu narzędziu bioinformatycznemu. Błogosławić Modele Markova.

W każdym razie w taki dzień ciśnie mi się na usta inna piosenka...

Na zakończenie i oderwanie się od ponurych myśli jeszcze jeden akcent ... branżowy,który dedykuję Morfeuszowi, bo tematyka szpitalna :)

Genetyka molekularna w chorobach wewnętrznych

2011-05-22T16:02:00.000+02:00

Tytuł: Genetyka molekularna w chorobach wewnętrznych
Szczegóły: język polski, wydanie I (2009), 304 strony,
format B4, twarda oprawa
Autorzy: praca zbiorowa pod red. A. Ciechanowicza i F. Kokota
Wydawnictwo: Wydawnictwo Lekarskie PZWL
Nr ISBN: 9788320030853
Cena PL: ok. 140zł
Dostępność w Polsce: łatwo dostępna

Recenzja:
Co ja mam o tej książce napisać, co napisać... Może zacznę tak: miałam nadzieję na ciekawą pozycję skoncentrowaną na biologii molekularnej chorób wewnętrznych. Niestety, mimo że jest skoncentrowana na temacie, to na pewno nie jest ciekawa. Mam skojarzenia z biochemią Harpera, która ciągiem tekstu drobnym maczkiem opisywała, zamiast pokazywać. Współczuję tym, którzy musieliby się z takiej książki uczyć. Opis metod używanych w detekcji defektów jest pobieżny, za to bardzo szeroko jest napisany wstęp o zasadności badań molekularnych. No fajnie, są zasadne ale żeby wyrobić sobie to zdanie potrzebny był cały rozdział?
Dalej jest niby sensownie, ale porywa nas jeszcze bardziej wartki potok słów, w którym toniemy wśród meandrów nazw receptorow i czynników transkrypcyjnych.
To miała być książka dla internisty. Ale nie wyszła. Internista powinien wiedzieć przede wszystkim kiedy zlecać badania molekularne i jakie badania muszą być wykonane wcześniej. Powinien wiedzieć w jakich jednostkach chorobowych się je wykonuje i dlaczego jest to zasadne z klinicznego punktu widzenia. Zamiast tego zalewa się go informacjami, których znać nie musi. A my potem musimy odsyłać pacjentów, którym lekarz zlecił badania molekularne bo są chorzy-nie potrafią podać jednostki chorobowej, nie mają skierowania albo są kierowani bez sensu...
Jedna rzecz mi się jednak podoba: case'y, czyli przypadki kliniczne, w których opisany jest stan pacjenta a następnie wkłąd biologii molekularnej w zdiagnozowanie zespołu chorobowego. To jest super.

Ocena w skali 1-10:
Merytoryka: 6,5
Oprawa graficzna: 3
Przystępność dla odbiorcy: 2
Cena/jakość: 2

Mój komentarz: raczej omijać szerokim łukiem. Pozycja nawet nie tyle że słaba, co nieprzydatna ani interniście, ani diagnoście, ani studentowi. Szczególnie za taką cenę. Porusza na dużym stopniu szczegółowości wiele oderwanych od siebie tematów diagnostycznych i żadnego nie wyczerpuje, natomiast potrafi zamieszać w głowach od ilości genów i interakcji, które opisuje. Pozycja polecana kolekcjonerom, którzy chcą mieć na półce cała złotą kolekcję interny...

Spece od analizy rynku i ich język polski...

2011-05-17T22:21:00.002+02:00

Miałabym wyjątkowo zje... hmm.. zrąbany dzień, gdybym wieczorem nie weszła do statystyk bloga i nie zobaczyła perełki: ktoś właził do mnie na bloga z adresu Eppendorfa. Z działu medialnego Eppendorfa. Myślałam że się poryczę, jak przeczytałam w podlinkowanym niżej raporcie, że wyrażam się negatywnie o próbówkach Epp. i wyzywam ich od blockheadów... żadne opisy nie oddadzą mojego facepalma, przeczytajcie sami...

http://www.eppendorf.com/Digiflip/SocialMediaCoverage/KW19/110513_Eppendorf_SocialMedia.html

Strona nr 1 i 11.

Nie wiem nawet kogo opierdzielić, bo dział supportu tak wielkiej korporacji raczej oleje mnie ciepłym moczem, gdy im napiszę że "your market analiticians suck".
Swoją drogą... nie wiedziałam że istnieje na taką skalę sposób zbierania danych o opiniach klientów z blogów. Czuję się inwigilowana.

M & M'sy

2011-05-15T21:19:00.000+02:00

Koleżanka w zaawansowanej ciąży:
-no byłam znowu zrobić sobie badania w analitycznym, bo mam obrzęki nóg...
-i co?
-poszłam do labu i mówię im że chcę M & M'sy.
-emenemsy?
-Tak. Mocz & morfologia.

Próbówki od bałwanów

2011-05-09T16:40:00.023+02:00

*DISCLAIMER FOR THE EPPENDORF COMPANY*: I've read your report (http://www.eppendorf.com/Digiflip/SocialMediaCoverage/KW19/110513_Eppendorf_SocialMedia.html) severely misinterpreting this blog-note: I AM VERY SATISFIED WITH EPPENDORF TUBES AND I AM NOT CRITICIZING THEM BELOW! The following post is describing 3 ill-cincieved products of other companies. The genesis of the misunderstanding that took place is, that in Poland we call ALL the 1,5ml tubes by the name "eppendorfs" just as we call running shoes by the name of "adidas's" even if they are produced by other companies!!! This is our language's feature! So please, next time, hire a better interpreteur, that UNDERSTANDS what is written and not only translates it!

Eppendorfy jakie są, każdy widzi... każdy, kto kiedyś pracował z próbówkami tego typu ma pojęcie, z czego taka próbówka się składa i co jest potrzebne do jej prawidłowego funkcjonowania.

Generalnie typowe epki składają się ze:
-zbiorniczka na 1,5ml
-kapselka, który ściśle przylega do otworu zbiorniczka.

Miło też jest, gdy próbówki:
-posiadają podziałkę
-są całkowicie przezroczyste
-mają safelocka, który chroni zawartość przed: wylaniem gdy próbówka spadnie, otwarciem się pod wpływem wzrostu ciśnienia podczas grzania (itp)
-nie pękają podczas wirowania w >10tys G
-są hydrofobowe i roztwory nie kleją sie do ścianek jak opętane

Niestety nie każdy projektant i producent chyba ma tę wiedzę. A może po prostu konkurencja na rynku wymusza dodawanie na siłę do utensyliów o strukturze cepa dodatkowych kosmo-gadżetów? Hmm.
Przedstawię Wam dzisiaj 3 różne odmiany eppendorfów "z przetargu" z którymi męczymy się (bądź kiedyś mieliśmy przyjemność) na co dzień.

1. Eppendorfy kosmiczne: kontaktują się ze statkiem matką za pośrednictwem ANTENKI.

Ta antenka ma być chyba w zamyśle częscią safelocka, który można zagiąć w górę czyniąc próbówkę BARDZO ciężko otwieralną i przez to hiper-bezpieczną. Fajnie jeśli trzeba trzymać eppendorfy z toksycznymi chemikaliami z dala od dzieci ale z drugiej strony... ktoś trzyma w labie dzieci? ...
Jaki jest faktyczny pożytek z antenki: utrudnia otwieranie epków. Utrudnia też ich zamykanie. A antenka się urywa po kilku użyciach (nie wiem czy mam uznać to za wadę czy za zaletę...).

2. Eppendorfy z zębami: gryzą.

Zęby także mają służyć jako rodzaj safelocka. Jest on tak safe, że palce bolą od otwierania i zamykania rzeczonych próbówek. Przez pewien czas korzystałam z plastikowego otwieracza specjalnie zaprojektowanego do epków. Złamał się po 3 dniach. Palce wytrzymywały trochę dłużej ale dalej mam traumę. Dodatkowo o zęby próbówek zahaczają i dziurawią się rękawice.
Myślę że śmiało mogę polecić masochistom.

3. Eppendorfy z dziureczką: puszczalskie.

Tu już mamy do czynienia nie z zamierzoną głupotą, ale z niedoskonałością linii produkcyjnej. Próbówki miały wadę fabryczną i statystycznie co czwarta miała w kapselku maleńki otworek. Niby maleńki i niewidoczny. Niestety podczas wirowania RPMy wyciskały przez dziureczkę płyn, który z założenia powinien sterylnie siedzieć w środku.
Efekt: trizol* (z cennym RNA) wycieka z próbówki. Trizol rozmazuje podpisy na kapslach. Trizol na rękawicach. Trizol w powietrzu. Bleah.

Na koniec zróbmy jeszcze pewne wyliczenie: jeśli w ciągu dnia izoluję RNA z 20 próbek, to czynność otwierania i zamykania kapselków wykonuję 20x8 razy. Daje to 160 otwarć/zamknięć próbówki. Jeśli posiadamy epki które ciężko się otwiera, jest to GEHENNA.

Ps. Z uprzejmości nie podałam nazw firm, które popełniły te produkty. Mogę za to z czystym sumieniem POLECIĆ inne, mimo że droższe, rozwiązania: Saarstedt'a i Eppendorf'a można brać w ciemno.
Niestety jeśli obowiązuje nas przetarg to.... no dobra, nie będę znowu zaczynać**.

Zakończę happyendem: ponieważ mowa o eppendorfach i w tytule były bałwany, przedstawiam wam naszego kolegę z 3go roku studiów.

Oto Epi, nasz zaprzyjaźniony bałwanek laboratoryjny. Bardzo o niego dbaliśmy, trzymaliśmy go w -20 i w ogóle...

*lub coś innego z wyrazistym zapachem rozpuszczalnika organicznego
**post o przetargach był za ostry i został ukryty celowo... ;(

Memento (Bombyx) mori

2011-05-03T09:52:00.000+02:00

Na mapie świata zaczyna przerzedzać się populacja bardzo wyjątkowego zwierzęcia.
Z jednej strony kryzys światowy, z drugiej polityka jednego dziecka w Chinach i bogacenie się Chińczyków sprawiły że... nie ma komu hodować jedwabników.

Jedwab drożeje, a kolejne rasy jedwabników wymierają. Czemu o tym piszę? Ano dlatego, że jedwabnik jest w ślepej uliczce ewolucji. On już nie może ewoluować, on może tylko ubożeć genetycznie i wymieranie podrzędnych ras może doprowadzić do jego powolnego wymarcia.

Co w opasłej gąsienicy i brzydkim motylu jest takiego specjalnego? Nie wspominam nawet o wspaniałościach jedwabiu jako materiału, ale z punktu widzenia biotech: enzymy odpowiedzialne za obróbkę jedwabiu w ciele owada, jak i same białka strukturalne przędzy, są niezwykle przydatne. Marzenie farmaceuty o naturalnie aseptycznych bandażach. Nie mówiąc już o tak abstrakcyjnych zastosowaniach jak produkcja podzespołów komputerowych...

Niusy sezonowe

2011-04-28T19:04:00.002+02:00

1. Dostaliśmy w labie w prezencie od Dyrekcji system komputerowy! Ułatwiający życie całemu światu, upraszczający ewidencję pacjentów, zmniejszający ilość papierów i w ogóle wypas.
...
System ów sprawia się na tyle wydajnie, że cały lab ma 10x więcej roboty a wyniki i tak trzeba dublować i wypisywać 2-krotnie: papierowo i komputerowo. Chwała informatyzacji.

2. Przyjrzałam się nowemu tworowi Ministerstwa Nauki, Narodowemu Centrum Nauki, i okazuje się że twór wygląda na całkiem udany. A przynajmniej tak się prezentuje przez website.

2. Powinnam w tej chwili obrabiać dane mutantów w ramach zadania domowego. Dane w sumie trzymają się przysłowiowej kupy* (bo to ja sama 'temi rencami' nadawałam im kształt od początku...) Zamiast tego, odkrywam wciąż na nowo uroki polegiwania w hamaku. Do tego jeszcze sączę wyborny bursztynowy napój procentowy (mmm... winogronowy) więc za chwilę zasłużę na odznakę "has done science whilst under the influence" (hmm... w sumie już wielokrotnie na nią zapracowałam...)

*czyżby to stąd wziął się michałowy frazeologizm "rzeźbienie w kupie"**?
** (no dobra, on używa trochę mocniejszego określenia ale naprawdę staram się tu trzymać "poziom" jak na wykształciucha pryzstało...)

Kremik na dobry humor

2011-04-25T20:13:00.001+02:00

Jeden z producentów kremików twierdzi, że znalazł receptę na limit Hayflicka(?):

"Inspirowany odkryciami noblistów kompleks DNAqua Solution stymuluje skórę do naprawy DNA i odtwarzania jego telomerów – zakończeń chroniących je przed uszkodzeniami – oraz dostarcza wodę do każdej komórki skóry"

Dżizes, że ja do tej pory żyłam w nieświadomości, że istnieje kremik łączący działanie akwaporyny i telomerazy! No i jeszcze naprawia DNA! Biegusiem lecę do sklepiku wydać bagatela 70zł na taki hicior!

Kwiecień

2011-04-24T16:00:00.001+02:00

Święta święta...

2011-04-24T09:02:00.001+02:00

Zdecydowanie wolę spacer w górach w szortach i t-shircie niż opychanie się mazurkami w odświętnych strojach. Na szczęście taki tryb celebrowania Wielkanocy popiera coraz większa część społeczeństwa. Wyjść, odetchnąć odżyć!
Tradycyjnie już, jak co roku apeluję, by Święta Wielkanocne kojarzyć ze świętem życia, a więc także ze świętem mechanizmów, które napędzają to życie...
W te dni kontrowersje na temat GMO, in vitro i nanotechnologii rzućmy w kąt. Cieszmy się złożonością otaczającego nas świata. Tego wam i sobie życzę.

(jajko stworzone tutaj)

Przesilenie wiosenne

2011-04-20T20:11:00.000+02:00

Wierzcie lub nie, istnieje coś takiego jak przesilenie wiosenne (i jesienne też).
Sceptyków,którzy uważają że przesilenia to ściema, zapraszam na oddziały hemato i onkologiczne. Okazuje się bowiem, że gołym okiem widać wzrost zachorowalności na nowotwory nie zimą, gdy rzekomo człowiek jest najbardziej podatny, depresyjny, przemarznięty i nieruchliwy, ale właśnie na wiosnę i na jesień...
Nie wiem i chyba nikt nie wie, czemu akurat wtedy. Zmiana metabolizmu? Osłabienie czujności układu immunologicznego? Nagły wzrost ilości podziałów komórkowych? Hmm.

U nas przesileniowo pełne ręce roboty, 6 ostrych białaczek w ciągu 2 tygodni to nie jest norma...Podobne sytuacje wracają co pół roku: we wrześniu i na przełomie kwietnia i maja budzą się raki.

Biohazard (IV) : Szpiegostwo bio-przemysłowe

2011-04-18T19:34:00.001+02:00

Ci, którzy oglądali Jurassic Park może kojarzą scenę, w któej informatyk Dennis Nedry w opakowaniu po kremie do golenia próbuje przmycić dinozaurze embriony. Science fiction... czy na pewno?

Historie o których wam opowiem mogą być zmyślone- nie mam jak ich zweryfikować, ale usłyszałam je od osoby siedzącej po uszy (i to od lat) w biotechnologii żywności, która na pewno przemyciła w nich spore ziarno prawdy.

1. Facet z jajami.
Za czasów komuny pewien znany zootechnik, profesor i hodowca drobiu był w Stanach, by wizytować wielką fermę, w której zajmowano się selekcją wysokowydajnych odmian kur niosek. Wizytacja miałą być efektem wielomiesięcznych rozmów i ukłonem w stronę Polski- nasz profesor miał potem spróbować zaadaptować metody z USA na grunt rodzimy i napisać jakąś laurkę z pobytu i o nowoczesności komunistycznej gospodarki.
Po wizytacji, wracając, profesorowi trudno było usiedzieć na miejscu w samolocie. Już w kraju został zrewidowany. Okazało się że w bieliźnie z wyjątkowo obszerym "worem" z przodu przemycał 2 jaja najlepszej amerykańskiej odmiany kur. Dodatkowe jaja jakimś cudem, przypadkowo, znalazły sie tam, gdzie każdy facet trzyma 2 sztuki własnych... Nie znane są losy odebranych naukowcowi zwierząt.

2. "Pani Grażynko, posiewamy!"
Przedsiębiorczy piwowar z polskiego laboratorium drożdżowego był za granicą w dużym browarze także podpisywać jakieś umowy. Ubrał się podobno w nowe, sterylne wyjściowe ubrania zaraz przed wejciem do laboratoriów, w których namnażano matkę drożdżową, Skrupulatnie oglądał kadzie, krawat miał pokaźny i majtał w nim na prawo i lewo.
Po powrocie do Polski naukowiec zaraz pognał do swojego laboratorium z gajerem z wizytacji w woreczku i już od progu woła podekscytowany: "Pani Grażynko! Posiewamy! Mam tu świetne gatunkowo drożdże!"
Z relacji mojego rozmówcy wynikało, że drożdże wyrosły.

3. Polska insulina?
To już czysta spekulacja bez szans jej weryfikacji. Opowieści którymi zostałam uraczona dobitnie świadczyły o tym, że materiał biologiczny da sie przenieść, co więcej wielu krajowych przemysłowców pragnie, by po wizycie w laboratorium konkurencji coś dało się przywlec do siebie. Ukoronowaniem monologu mojego rozmówcy było pojedyncze pytanie: "Czy pani naprawdę wierzy, że Polacy sami wyhodowali sobie szzcepy produkujące insulinę? Że mieli technologię i "know-how"?" ...
Wolę wierzyć że tak było.

Haiku*

2011-04-13T16:42:00.003+02:00

Promień słońca zapukał w szybę
Na chwilę poprawił
Prognozę pogody wewnątrz.

... niestety długoterminowa bez zmian.

*a raczej pseudohaiku, bo w klasyczną formułę nijak nie umiałam tego ubrać. Jestem ścisłowcem (mimo że to żadne wytłumaczenie).

Mamy zielone światło

2011-04-09T15:34:00.004+02:00

Zamieściłam w ostatnim poście sweetfocie drożdży stransformowanych GFP. A cóż to właściwie takiego?
GFP to niezwykłe białko. Odkryte zostało u meduzy A. victoria, potem jego homologi opisano także u innych gatunków krążkopławów. Białko to ma naturalną zdolność do fluorescencji pod wpływem wzbudzenia światłem z zakresu spektrum niebieskiego i bliskiego UV. Po co meduzom GFP? NIe wiadomo, ale przypuszczam że jak każdy barwnik u organizmów niższych np.- karotenoidy, piocyjaniny czy też fluoresceina u bakterii- chroni przed negatywnym działaniem energii fali świetlnej.

Samo białko wygląda tak jak przedstawiono po lewej (źródło: Protein Data Bank, PDB) i jest "klasyczną" beczułką, w której centrum położone są 3 aminokwasy odpowiedzialne za absorpcję i emisję światła.

GFP znalazło zastosowanie jako fluorescencyjny marker róznych procesów komórkowych- wszczepia się gen tego białka na drodze transformacji wraz z innym, ważnym dla nas genem białkowym i sprawdza, czy komórka "świeci". Jeżeli świeci, to z dużą dozą pewności komórka produkuje też białko, którego nośnik wszczepiliśmy razem z GFP.

Są oczywiście mniej poważne zastosowania jak choćby tzw. "sztuka", jak choćby głośna i kontrowersyjna sprawa fluorescencyjnego królika
Pomijając jednak epizody pod tytułem "sztuka dla sztuki" GFP przysłużyło się np. w takich dziedzinach jak badania nad nowotworami. Np GFP z odpowiednio doczepionym fragmentem białka "rozpoznaje" inne białka w komórce i pozwala na ich lokalizację. Jeżeli jest ona nieprawidłowa, mamy szybki sposób na sprawdzenie tego w mikroskopie konfokalnym. Inny przykład? Embriogeneza- sprawdzamy gdzie ulokują się komórki transformowane GFP podczas rozwoju zarodkowego np. u myszy.

Zresztą, co ja wam będę kadzić, kliknijcie na ten tekst by spojrzeć na piękno biofluorescencji białek pochodzących od GFP...

Szczególnie polecam uwadze szalkę petriego z plażą, namalowaną bakteriami produkującymi rózne warianty GFP- niekoniecznie zielone!

Transformers: czyli o drożdżach i ich kompetencji

2011-04-08T21:08:00.000+02:00

Dziś będzie krótko i raczej fotograficznie.
Oto reminiscencja sprzed kilku lat. Jedno z ciekawszych ćwiczeń na moich studiach. Transformacja kompetentnych komórek drożdżowych konstruktem z GFP. Potem te drożdże zamykaliśmy w kulki żelowe i robiliśmy inne ciekawe rzeczy, a wszystko ładnie świeciło w świetle UV :) Tak mi się jakoś przypomniało, gdy przeczytałam o chemiluminescencji na blogu Kuby Milczarka

O szpiku nie tylko dla dzieci

2011-04-08T19:20:00.000+02:00

Ostatnio w Empiku znalazłam ekskluzywne wydanie "Było sobie życie" i z nostalgią postanowiłam przypomnieć sobie hicior edukacyjny z dzieciństwa.

Byłam dość zdumiona jak aktualna (a zrealizowana w r. 1987!) i spójna jest ta dedykowana dla dzieci wizja organizmu. Najbardziej pozytywnie zaskoczył mnie odcinek o szpiku (odc. 4). Znajdziemy w nim podstawowe informacje o funkcjonowaniu krwi, w szczególności białych krwinek, a także świetne ujęcie tematu białaczek i przeszczepienia szpiku kostnego. Dla laika, tak dziecka jak i dorosłego, świetna sprawa!
Naprawdę.
Tym bardziej że podana humorystycznie: złe blasty jako "złota" młodzież rządzą :)

Fanart autorstwa Terminaitor

Kleszcz tkwi w szczegółach

2011-04-04T13:07:00.012+02:00

Jestem zmęczona. Wredne Streptokoki w gardle, wredne Streptokoki na zajęciach, Wredne Streptokoki na kolokwiach. Postanowiłam więc trochę was rozerwać (dla odmiany od bakterii), przytaczając i komentując śmieszny tekst o... bakteriach.

Borrelia burgdorferi.
Znają ją chyba wszyscy z kolorowych gazetek i z TV, które rokrocznie w sezonie letnim straszą nas tym bakcylem i kleszczami. Że straszliwe kleszcze czają się za rogiem i że mieszczuchy nie powinny w ogóle zapuszczać się w parkach poza chodnik bo umrą niechybnie.

Przyznam szczerze że "środowiskowcy" z mojego otoczenia chorują na boreliozę. Nie mogą się schylać i bardzo cierpią gdy muszą się ruszyć. Serio. Ale są to zawodowi terenowcy, od nastu co najmniej lat wyprawiający się w teren dużo mniej gościnny od miejskich parków w celu dokonywania detekcji i monitoringu różnorodnej flory i fauny.

Ponieważ moja druga połowa z powodu przeziębienia narzeka na bóle kolan, przypomnieliśmy sobie jakoś o straszliwej Borrelii i dyskutowaliśmy ostatnio nad metodami detekcji. Zechciałam sprawie przyjrzeć sie bliżej i oto gdzie skierował mnie wujek gugiel, gdy wpisałam w wyszukiwarkę "borelioza PCR":

http://www.borelioza.vegie.pl/pcr.html

W adresie jak łatwo zauważyć figuruje słowo klucz "vegie". to znaczy że mamy do czynienia z klasycznym bullshitem altmedowym. Zapewne bartowy detektor bzdetu biłby na alarm, ale nie każdy takie urządzenie w domu posiada, więc niektórym to co tam napisano może solidnie zmącić w głowach.

"Zapomnijcie o tym. To prawie jak totolotek. Nawet najdroższe laboratoria na świecie sieją fałszywymi pozytywnymi/negatywnymi wynikami jak ruska pepesza, za porządny test zapłacicie kilka tysięcy zł. Zapomnijcie, że ktoś zrobi to za 100 zł. Za tyle można dostać nędzną podróbkę. Szkoda kasy. Co prawda jest mocno u nas rozreklamowany i ktoś kręci na nim niezłą kasę, ale to tylko reklama. Podejrzewam, że równie dobrze można by rzucać monetą. Ten test jest mniej więcej tak dobry, jak zdrowe jest jedzenie w McDonaldzie."

Zaczyna się prawie jak "Litwo, Ojczyzno moja".
Tak się dzieje, gdy laik nasłucha się historii kolegów o tym jak gówniany jest PCR. Tak dzieje się też czasami, gdy jakiś lab wpadnie na pomysł żeby robić gównianej jakości testy i nie podawać, jakie są czułość i specyficzność metody. Przyznaję że to się musi zdarzać gdy niedouczeni laboranci się biorą za wdrażanie metodyki.
ALE ALE: dementuję pogłoski, jakoby nie dało się wykonać rzetelnego testu na borelie za 100-200zł. To się da zrobić i nie jest to wyczyn.
Oto i dowód:
http://ajcp.ascpjournals.org/content/133/4/569.long
Przypuszczam że rozsądna cena takiego testu (razem z sekwencjoniwaniem!) doliczywszy zysk dla jednostki wykonującej mogłaby wynosić do 400zł, a po kosztach jest to jakieś 50-100zł.

Sami autorzy owej pracy przyznają że większość testów detekcji we krwi jest mało wartościowa, bo średnia czułość różnych metod to ok. 18%. Ze specyficznością też bywa różnie, bo wiele niepatogennych Borelii jest podobna genetycznie do tych, powodujących boreliozę. A jednak: dzięki odpowiedniemu przygotowaniu krwi (bez lizy erytrocytow!) i reakcji nested+sekwencjonowanie można znacznie podwyzszyć czułość i praktycznie wykluczyć fałszywe pozytywy.

Wracając do "mondrego" pana "redaktóra" z zapodanego na początku postu linka:

"Jeszcze raz, aby upewnić się że wszyscy rozumieją - żadna, ale to żadna klinika na świecie lecząca boreliozę (a są specjalistyczne kliniki które leczą właśnie takie schorzenia, dziesiątki tysięcy wyleczeń rocznie) nie akceptuje testu PCR. Wykonuje się go jedynie w ostateczności, jako badanie pomocnicze, w takich wypadkach akceptuje się wyniki z tylko kilku najlepszych laboratoriów na świecie, uwzględniając gigantyczne ryzyko błędu."

Nie rozumieją. Nie rozumieją z kilku powodów: po pierwsze w mikrobiologii NIGDY sam test molekularny NIE MOŻE być podstawą diagnozy, tak samo jak pojedynczy test immunologiczny. Lekarz zresztą nie powinien wciskać kitu że jest inaczej. Hodowla i barwienie powinny być zrobione co najmniej dla potwierdzenia dlagnozy i jest to złoty standard.

"U nas to w ogóle już sobie radośnie spece od PCR poczynają, albo mają kompletnie rozregulowany sprzęt, albo są już doszczętnie w kieszeni firm farmaceutycznych i dają takie wyniki, za jakie sprzedawca antybiotyków płaci. Słyszałem o wynikach rzędu 75% pozytywów dla danej grupy, pozytywy wychodziły całym rodzinom - nawet tym członkom, którzy kleszcza nawet na obrazku nie widzieli.

Najleszy zresztą dowód na marną jakość to wyniki pozytywne PCR we krwi u ludzi, którzy mają negatywne wyniki Western Blot IgM. Jeśli bakteria żyje we krwi, rozmnaża się tam. Jeśli się rozmnaża, to albo jest niewidzialna dla systemu immunologicznego, a wtedy po miesiacu z 1 bakterii mamy miliard (liczba, która zabiłaby człowieka w kilka chyba minut), albo jest dla systemu immunologicznego widoczna, a wtedy MUSI wyjść dodatni test IgM Western Blot. Jedyny powód dla którego czasem wychodzi negatywny IgM u ludzi z aktywną boreliozą jest taki, że bakteria żyje u nich tylko w układzie nerwowym - który z krwią nie ma nic wspólnego, więc tak czy tak bakterii we krwi po prostu u nich nie ma."

A tu radośnie już sobie pan odpłynął. Nie komentuję rozregulowanego sprzętu, bo jest to chyba jedyna rzecz która się w przypadku PCR-u nie zdarza (kto wie czym jest termocykler powinien to sobie wyobrazić!). Sytuacja IgM negatywne <-> PCR pozytywne zdarza się przy przejściowym zakażeniu lub w bardzo wczesnej fazie choroby, tj. zaraz po ugryzieniu przez zakażonego kleszcza. W takich przypadkach badanie się powtarza po jakimś czasie i to nie jest nic wstrząsającego z punktu widzenia medycyny i diagnostyki. (choć cena badania potrafi być wstrząsająca dla kieszeni pacjenta!).
Druga sprawa: wykrywa się DNA we krwi, a nie całe bakterie. A płyn mózgowo rdzeniowy jest bardzo blisko związany z krwią i zachodzi pewna wymiana tych płynów pomiędzy sobą: a więc infekcja CUN powoduje, że DNA obecne w płynie mózgowo-rdzeniowym po rozpadzie komórek bakteryjnych przedostaje się do krwi. Tak samo z innych tkanek (stawy, skóra) DNA bakterii dostaje sie do krwiobiegu i może być tam wykryte. (Pewne białka bakteryjne zresztą też przechodzą z CUN do krwi, gdyby tak nie było to nie
istniałaby możliwość wykrycia chorób układu nerwowego testami krwi, a jest to możliwe)

...Aha, jeszcze jedna rzecz wymaga wytłumaczenia: czułość metod PCR. Metoda "nested" często pozwala wykryć POJEDYNCZĄ cząsteczkę wśród miliona innych. W mikrobiologii to nie czułość jest problemem, ale ogromna zmienność bakterii, które wciąż modyfikują swoje geny. A więc PCR może orzec, że jakaś niechorobotwórcza Borelia to zjadliwy patogen, bo po prostu w tym miejscu DNA są bardzo podobne. Ta ogromna czułość detekcji sprawia także, że przygodny kontakt, nie skutkujący zakażeniem, z patogenem boreliozy może być wzięty za inwazję. W drugim badaniu zaś okazałoby się, że to fałszywy alarm.

Reasumując:
-autor zna się na zagadnieniu jak kura na pieprzu, co więcej zachwala na swojej stronie terapię Gersona i inne śmieszne szamanizmy
-atakuje badanie nawet trochę słusznie, ale ze złych pobudek
-winne w całej zadymie są:
a)laboratoria, nie podając kluczowych informacji o czułości i specyficzności badania i być może nie dążąc do wyboru jak najlepszej metody
b) media (głownie!) propagujące bezsensowne slogany na temat potwornej częstości boreliozy
c) system, który nie określa jasno wskazań do badań boreliozy. A powinni je robić rutynowo leśniczy i osoby pracujące w lasach, zajmujące się zielenią, monitoringiem siedlisk przyrodniczych itp. A nie mamusie przewrażliwionych dzieci, które ugryzł kleszcz jak bawiły się w piaskownicy.

Z mądrości mikrobiologa

2011-03-31T15:08:00.000+02:00

Wykład z bakterii beztlenowych na mikrze.
-w celu usunięcia tlenu z podłoża, na którym umieściliśmy materiał od pacjenta dodajemy do pożywki fragment wątroby.
-też pobrany od pacjenta?
-... ... nie. Chociaż jakby dobrze sprawę przemyśleć, byłoby szybciej i ekonomiczniej. Muszę podrzucić ten pomysł na oddział.

Glivec, Gleevec, Imatynib (cz. V): Jak zmierzyć skorupiaka?

2011-03-28T20:53:00.003+02:00

W trakcie naszej opowieści docieramy do jednego z kluczowych dla pacjenta i lekarza zagadnień, związanych z przewlekłą białaczka szpikową i leczeniem IKT. Do monitoringu leczenia.
Lekarze muszą wiedzieć, czy leczenie w ogóle przynosi efekty, a najlepszym w tym przypadku sposobem, by to sprawdzić, jest "policzenie" ile w danej chwili jest nieprawidłowego białka. Wiemy już z poprzednich części tego cyklu, że BCR-ABL sam napędza swoją produkcję, a jego unieczynnienie powoli doprowadza do zastopowania tego procederu i utrzymania nowotworu w ryzach.
Najłatwiej "zmierzyć raka" pośrednio: zbadać ile "wzorca" do produkcji białka BCR-ABL znajduje się w komórce i jak w czasie leczenia zmienia się jego ilość.

Produkcja wszystkich białek w organizmie odbywa się jak produkcja części metalowych w odlewni: "schemat" części (w komórce jest to DNA) jest przerysowywany na matrycę ("kuzyn" DNA, czyli RNA), która następnie służy do seryjnej produkcji danej części (białka). Proporcjonalnie im więcej matryc, tym więcej replik części można wyprodukować w tym samym czasie. A więc więcej RNA oznacza więcej nieprawidłowego białka i bardziej nasilony proces chorobowy.

Jak wygląda pomiar w laboratorium?
Krew pacjenta jest przygotowywana, żeby wyłowić RNA z komórek. Potem poddaje się je wstępnej obróbce, a na końcu... liczy się je. Oczywiście nie jest to siedzenie z liczydłem- cząsteczki RNA i DNA są tak małe, że trzeba wykorzystać pośredni pomiar, tj. reakcję PCR z użyciem specjalnego barwnika, który mówiąc bardzo ogólnie świeci tym mocniej, im więcej jest RNA*. Specjalne urządzenie mierzy ilość wydzielonego światła w czasie trwania reakcji i przelicza ją na ilość cząsteczek. Trzeba to jeszcze porównać z jakimś wzorcem, który jest nieczuły na drobne różnice w wykonywaniu pomiaru. Za każdym badaniem otrzymujemy współczynnik, który nanosimy na wykres uwidaczniający dynamikę odpowiedzi na leczenie.

Spójrzcie na te wykresy:

(źródło: http://www.nature.com/bjc/journal/v95/n9/full/6603310a.htm). Lekarze i pacjenci którzy otrzymują od nas wyniki dostają podobne, a nawet ładniejsze :)

Są to 3 obserwacje pacjentów. Pierwszy z nich systematycznie biorąc lek poprawia swoje rokowanie, w ciągu kilku miesięcy ilość matrycy do produkcji nieprawidłowego białka wciąż spada i utrzymuje się na tak niskim poziomie, że ani lekarz ani pacjent nie obserwuje żadnych "namacalnych" objawów choroby. To bardzo dobrze.

Drugi przypadek** obrazuje, że razem z lekarzami możemy DOKŁADNIE wskazać, kiedy pacjentowi zapomniało się wziąć leku,albo kiedy zamiast lek przyjmować zaczyna go sprzedawać/oddawać/wyrzucać. Takie obrazki, na których nagle bez powodu skacze w górę ilość RNA/białka pojawiają się też nader często po Sylwestrze i w okresie wakacyjnym. Dlaczego- odpowiedzcie sobie sami.

Ostatni przypadek jest najbardziej niefortunny dla chorego. Po głębszym zbadaniu materiału pacjenta okazało się, że niektóre komórki białaczkowe stały się niewrażliwe na lek. Nabyły oporność dzięki wprowadzeniu drobnego "ulepszenia" w genie kodującym BCR-ABL. Przestały one reagować na obecność leku i znów zaczęły się mnożyć.

Jak to możliwe? O tym w kolejnym odcinku. Mam wrażenie że dzisiejszy opis jest bardzo niejasny tak dla ludzi obeznanych zbiologią molekularną, jak i dla laików, ale nic nie poradzę. Niełatwo jest ubrać w język codzienny tajniki swojej pracy...

*Mam nadzieję że nikt mnie nie powiesi za takie spłaszczenie idei QRT-PCRu...
**Formalnie jest to wykres przedstawiający "zaprzestanie terapii", ale podobnie wygląda non-compliance, czyli brak konsekwencji w zażywaniu.

Marzec

2011-03-24T16:00:00.002+01:00

Czasami ktoś sobie o nas przypomni...

2011-03-21T20:03:00.002+01:00

Molekularni w diagnostyce są potrzebni? Wow. Powoli zaczyna to do kogoś docierać?

http://www.polityka.pl/nauka/zdrowie/1513744,1,leki-najnowszych-generacji.read

Molekularne robienie w balona

2011-03-20T17:38:00.000+01:00

Kontynuując jeden z ostatnich wątków: pogoń za poznawaniem swoich chorób i predyspozycji szkodzi. Dlaczego? Cóż jest złego w profilaktyce i poznaniu swoich pięt achillesowych?

Otóż, drodzy moi, bez znajomości konkretnych danych na temat wartości prognostycznej badania NIC się z niego nie dowiemy. To samo zresztą tyczy się samych wizyt prywatnych u lekarzy. Pytanie o etykę zawodową jest na miejscu: czy lekarz zleca wszystkie badania, gdyż są potrzebne, czy też dlatego że NFZ za nie zapłaci? Czy może dlatego że pacjent lekarzowi też za nie zapłaci?...Bywa i tak.
Wracając do badań laboratoryjnych: o ile nie kwestionuję wagi morfologii krwi i podstawowego badania moczu wykonanego dla własnej wiedzy i dla spokoju, (oraz np. sporadycznie badania kału na pasożyty), o tyle nie poparta konsultacją specjalistyczną diagnostyka poziomu hormonów/markerów zapalnych/hemostazy/markerów nowotworowych czy też predyspozycji do chorób układowych ma zerową wartość i jest etycznie szkodliwa. Laboratoria i prywatne poradnie nie powinny lansować szczególnie czegoś takiego jak "diagnostyka predyspozycji do nowotworów", o ile nie wynika z niej jakieś dalsze postępowanie profilaktyczne/lecznicze, a niestety poza programem dot. raka piersi i raka jelita grubego z badań genetycznych predyspozycji nic nie wynika.
Łatwo jest znaleźć parę SNPów w genomie. Ale żeby na tej i tylko na tej podstawie straszyć klienta rakiem lub uspokajać ma że ma obniżone ryzyko? Hmm.

W USA doszło już do tego, że grube pieniądze można wydać na sekwencjonowanie kilku tys snp i profesjonalną poradę dietetyka i jakiegoś speca od "genetics", którzy wywróżą nam na co możemy zachorować i jak temu zapobiec.
Podpowiem: idźcie lepiej do radiestety lub wróżki, ich werdykty mają podobną wartość na tym etapie naszej wiedzy o ryzyku wystąpienia złożonych chorób na podstawie analizy genomu.

"3 opowieści"

2011-03-19T20:12:00.000+01:00

Tak brzmi tytuł mojego ulubionego odcinka House'a. Nawiązując do tematu trzech pacjentów, którym coś dolega, opowiem wam o 3 postawach wobec diagnostyki i medycyny. Oczywiście wszystkie podejścia mogą być reprezentowane w rożnym nasileniu u rożnych osobników...
Podejście 1: "Jak coś boli, idę do doktora, jak nie boli nie idę. Jak doktór przepisze lek, to wezmę lub nie wezmę, obojętnie". Postawa od ignotancji (młodzież, wiecznie zajęci obywatele dużych miast) po brak wiedzy i bogobojny strach przed kitlem (starsze osoby, małe wsie). Reprezentant tej grupy nie chce być chory, nie szanuje, nie docenia lub nie popiera działań profilaktycznych i przesiewowych.
Motto: "Ignorancja to błogosławieństwo"

Podejście 2: "Jak boli, to zwracam się ku Naturze, bo tylko ona mnie wyleczy. Jeśli idę do lekarza, to dla potwierdzenia tezy, że lekarz chce mnie zabić/otruć/okraść. Wizyty u lekarza to strata czasu i gwałt na Naturze"
Barwna grupa "altmedowców", począwszy od mam kurujących nas naparem z cebuli, herbatą z miodem i ziółkami, aż po groźnych i niezrównoważonych szaleńców pokroju Astromarii i jej świty. Oczywiście prawda leży po środku, ale chyba jednak bardziej po stronie medycyny niż jej alternatyw: faszerowanie się apapem szkodzi, ale chyba bardziej zaszkodzi picie ACE.
Motto: "Spisek! Big pharma! Ziółka uber alles!"

Podejście 3: "Jak coś boli to idę do lekarza, jak nie boli to też idę do lekarza. Jak lekarz nie przepisze, to idę do innego lekarza".
Wszyscy, którzy maja nawyk robienia sobie pełnej morfologii co tydzień, łażenia po forach medycznych, wmawiania sobie chorób itd. Co znamienne: hipochondria to jedyna choroba, której na pewno nie mają.
Motto: "Nie istnieje stan "pełni zdrowia". Zawsze jesteśmy na coś chorzy."

Każde podejście z ww. szkodzi. Ignorancja szkodzi, gdy pacjent w zaawansowanym stadium choroby jednak zechce się leczyć. Leczenie jest wtedy drogie i mało skuteczne. O tym że podejście drugie szkodzi przeczytamy m.in. na blogu Barta i wielu innych racjonalistów. A dlaczego podejście trzecie szkodzi? ... o tym kiedy indziej.

Sawuar wiwr starterowy

2011-03-16T16:37:00.000+01:00

Pewnie część wie, reszta zaś zachodzi w głowę, tak jak ja do niedawna: po jaką cholerę w niektórych publikacjach pisze się w sekwencjach starterów "gie" małą literą, podczas gdy reszta zasad pisana jest dużymi? Jak zwykle przyszedł mi z pomocą mój "sensej" Michał i wyłożył sprawę tak:
"To rodzaj savoir vivre wywodzący się z epoki maszyny do pisania. Maszyna wybijała w czasopismach litery na tyle niedokładnie, że w publikacjach często nie dało się rozczytać, czy mamy do czynienie z C czy z G".

W dzisiejszych czasach niewielu już o tym pamięta, a może to być o tyle problematyczne, że obecnie wiele modyfikacji zasad (np. LNA) albo mismatch (chyba najczęściej!), bywa pisane dla odróżnienia mała literą. Dlatego ja osobiście jestem przeciwko takim archaicznym praktykom w nowoczesnych publikacjach- bo budzi to zamęt i niejasności. Ale co osoba to inne zdanie na ten temat.

Bańka mydlana

2011-03-14T15:38:00.003+01:00

Powoli zaczyna się ocieplać... przynajmniej na dworze.
Sporo czasu mnie nie czytaliście, wiem... przez jakiś czas nie będzie "Anegdot...". Możliwe zresztą że w ogóle już nie wrócą, bo to, co ożywiało rutynę mojej pracy może też już nie wrócić.
Mam potrzebę jednak, by rozruszać moje odzwyczajone od postowania palce i rozprostować zwoje mózgowe, które ostatnio zawinęły się ciaśniej w obronie przed napierającą z zewnątrz hiperosmotyczną, gęstą, ponurą rzeczywistością. Racjonalista ma gorzej... 2000 z okładem lat ludzkość dopieszcza swoje religie, a więc muszą one mieć swój cel. Jest to całkiem konkretny cel... Odkryłam to niedawno i wszelkie symptomy mojej nieobecności na blogu wiążą się niejako z tym faktem.
Racjonalista ma gorzej. Gdy dzieje się źle, nijak nie pociesza go wiara w bajki, w których wszystko się dobrze kończy.

Antoni Kępiński — Lęk

Nasz świat, który wydaje się tak rzeczywisty i stabilny, staje się bańką mydlaną, złudą, która rozpływa się w momencie śmierci.

Jak pobrać krew na badania genetyczne / molekularne - faq

2011-03-14T14:07:00.000+01:00

Oto moje wskazówki na temat pobierania i przewozu krwi do badań DNA i RNA:

1. Krew pobieramy WYŁĄCZNIE na EDTA-to taki standard. Heparyna jest silnym inhibitorem polimeraz. Cytrynian niby też ujdzie, ale brońcie bogowie heparyna ani hirudina. Skrzep nie, z tego powodu że płytki i krwinki białe tworzą skrzeplinę i obniża się nam znacząco plon kwasów nukleinowych.

2. Zjedzenie posiłku/wzmożona aktywność fizyczna/większość leków nie mają żadnego wpływu na wynik badań molekularnych, więc spokojnie można przysyłać pacjenta po śniadaniu na pobranie.

3. Ilość pobieranej krwi uzależniona jest od żądanej czułości oznaczenia (do badań choroby resztkowej u dorosłych do 9ml, ale już do badań diagnostycznych chorób dziedzicznych DNA u osób bez cytopenii 2ml wystarczy). U małych dzieci: max 2ml, średnio 1-1,5ml jest wystarczające, często używa się jedynie małej kropli w badaniach chorób dziedzicznych. Jeśli można tego uniknąć, u pacjentów pediatrycznych powinno się korzystać z wymazu z nabłonka jamy ustnej do badań DNA. Do badań RNA zdecydowanie krew.

4. Transport krwi na badania molekularne powinien zachodzić w temperaturze 4-25 stopni, tak by nie doprowadzić do lizy komórek i uwolnienia enzymów nukleolitycznych (mrożenie kategorycznie odpada w przypadku badań RNA, w mrożonym lizacie i zaraz po rozmrożeniu RNAzy mają używanie!)

5. Krew może być przechowywana do doby w lodówce bez znaczącej straty jakości i ilości RNA, maksymalny czas transportu w 4 stopniach to 48h, po czym od razu trzeba przystąpić do izolacji. Badania DNA można wykonać nawet po tygodniu pobytu krwi w lodówce, a nawet dłużej. Spokojnie można też mrozić osad komórkowy zawieszony w soli fizjologicznej. Warto jednak podkreślić, że im krótszy czas od pobrania do zbadania tym mniejsze ryzyko błędu z powodu degradacji kwasów nukleinowych, ergo błędu przedanalitycznego.

6. Należy dobrze poznać specyfikę badania opartego o detekcję RNA (szczególnie ilościową!), które wykonujemy. Niektóre RNA-wirusy mają bardzo krótki okres pótrwania nieosłoniętego genomu we krwi, więc należy się spieszyć z oznaczeniem
(bodajże grypa!)

7. Na koniec: istnieją super-high-tech próbówki do pobierania krwi z inhibitorem RNAz. Są drogie i w zasadzie nie ma potrzeby ich stosowania, no chyba że laboratorium wymaga ich w transporcie żeby chronić się przed odpowiedzialnością za niewiarygodny wynik (albo do RNA-wiruchów, patrz p.6). Trzymając się czasów i warunków transportu można spokojnie nie zawracać sobie nimi głowy.

Blog nieczynny do odwołania.

2011-02-24T20:01:00.000+01:00

Blog nieczynny z powodu że zamknięty.
Przepraszam. Po prostu nie mogę póki co nic więcej napisać.
Do przeczytania w weselszych czasach.

Reklama dźwignią handlu cd. -cudowne lata 80'?

2011-02-19T11:03:00.004+01:00

No tak, "PCR song" i "GTCA" znają już chyba wszyscy (pisałam o tym TU, jak ktoś nie zna to czas nadrobić zaległości).

Ostatnio podlinkowałam dwie nowsze viralowe produkcje, nawiązujące do Bonda i Transformersów, a dziś mam dla was Roche'owe śpiewy Steel Panther (i to kurde wpadające w ucho!)
http://www.youtube.com/watch?v=HVnTUN1Fn1g&feature=related
http://www.youtube.com/watch?v=ZugJ7DQ5wBU&feature=related

A tu disco dance floor. Made by Applera...
http://www.youtube.com/watch?v=Rrd1hJydZrM&feature=related
I w podobnej konwencji, Agilent:
http://www.youtube.com/watch?v=EkAF-OOg858

Na zakończenie co nieco o superbohaterach (Thermo):
http://www.youtube.com/watch?v=f-8Qn_EcMOc&feature=related
Ijeszcze w stylu komiksowym + barbie(?) (Affymetrix):
http://www.youtube.com/watch?v=aCiZeEjKDoo&feature=related

O mężczyźnie, która była kobietą

2011-02-18T19:28:00.000+01:00

Wpada kumpela z cytogenetyki: ej słuchajcie... pacjent X... wiecie może, czy jest po przeszczepie?
-ano kojarzę go. Tak, przeszczepowy.
-a kim był dawca?
-abo ja wiem... jakaś babka, może siostra...
-kobieta! Ha! To wszystko ok... Bo cholera się tak wpatruję w te chromosomy i ni cholery nie mogę igreka znaleźć....czyli nic nie pomyliłam.

Ciekawa jestem czy faceci w takiej sytuacji życiowej wiedzą, że w ich żyłach płynie kobiecość.*

*pamiętajmy że tylko szpik i jego produkty- krwinki posiadają zmienione DNA, a więc uprzedzajac pytania: po przeszczepie nie zmienimy koloru oczu ani upodobań seksualnych. Jeden doktor, przeszczepiający zresztą od lat, pytał nas kiedyś dlaczego... zaliczyliśmy facepalma.

Profilaktyka

2011-02-17T13:29:00.000+01:00

Siedzi Michał i głowi się nad słupkami w Excelu. Baza danych pacjentów. Dane nie za bardzo trzymają sie tzw. kupy.
-Kurde. Wg tej tabeli wynika, że pacjent był w trakcie leczenia już na 2 miesiące przed przyjęciem do szpitala i diagnozą...
Na co odzywa się p. Gosia:
-no przecież dobrze pan wie, że najważniejsza jest profilaktyka!

Specjalny pierścień

2011-02-17T13:26:00.000+01:00

Real Time mi nie poszedł i focham się na cały świat. Michał pyta:
-a może to dlatego że nie założyłaś pierścienia?
-a ty masz taki specjalny pierścień, który odczynia złe uroki? (z ironią w głosie)
-... chodzi mi o tę pokrywkę do rotora...

No tak. Notorycznie zapominam zakładać na rotor takiej obejmy w kształcie pierścienia, która powinna być mocowana dla zmniejszenia (chyba?) drgań próbówek...
A ja myślałam że mój współpracownik jakieś voodoo odczynia, że mu reakcje śmigają :)

Jak ustawić PCRa?

2011-02-15T20:24:00.000+01:00

Nienawidzę tego tematu. Jestem chora jak mam ustawiać metodykę, szczególnie jak coś "nie idzie" od razu. Ale ponieważ dziś dostaliśmy nowe startery i ponieważ wszystkie pary chodzą mi od pierwszego puszczenia, a także ponieważ ostatnio miałam sporo zapytań na blogu, wzięłam się do kupy i między Housem a Dukajem montuję ci czytelniku krótką instrukcję optymalizacji PCRu.

1. Zamawiamy startery- projektowanie reakcji to osobny i czasami mocno skomplikowany temat, omówię go więc kiedy indziej (o ile bedą chęci). Załóżmy więc dziś, że korzystamy z gotowej metodyki...

2. Sprawdzamy startery przed zamówieniem i po otrzymaniu: zdarza się, powiadam wam, że źle zamówimy starter, albo źle nam go zsyntezują. Mi jedna para kiedyś nie działała przez "literówkę", kumpel zamówił starter komplementarny do tego, który powinien był zamówić itd... Naprawdę taka kontrol może oszczędzić sporo frustracji.

3. Puszczamy gradientowy PCR na "domyślnych" warunkach, które chodzą w większości przypadków.
Polecam taki oto przepis:
* po 1ul starterów doprowadzonych do stęż 10uM (domyślne stężenie robocze)
* 2,5ul magnezu 25mM, o ile bufor jest go pozbawiony (lub odpowiednio mniej)
* 0,5 ul dNTP 10 mM
* 0,1ul polimertazy (0,5-1U)
* reszta przeliczona na objętość końcową 25ul
Oczywiście może się okazać, że wasz bufor i poli są lepiej kompatybilne z trochę innymi stężeniami, ale dam głowę że dobrze skrojona reakcja na tym pójdzie.

Domyślny program najlepiej ustawić z gradientem temperatury annealingu, o ile wasz cykler to potrafi.
Polecam: 35 cykli: 94st 30sek, grad48-64st 45sek, 72st 30sek -> dla produktów o normalnej topliwości (40-60% GC) o wielkości do 1000nt. Gradient jest dość uniwersalny: pozwala na puszczenie naraz kilku różnych PCRów w różnych warunkach.
Ja przygotowuję 5-8 reakcji, zależnie od tego czy startery mają zbliżone temp. topnienia czy rozbieżne.

4. Przyglądamy się efektom PCRu na żelu wobec drabinki: wybieramy najlepszą temperaturę z gradientu (najwyraźniejszy produkt, najbardziej specyficzny). Jeśli mamy dimery starterów, próbujemy zredukować ilość starterów o połowę. Jeżeli jest coś niespecyficznego, robimy gradient magnezu.

5. Gradient magnezu. Mój patent: mam przygotowany w stripie 8-dołkowym magnez o wzrastającym stężeniu tak, by dodając go (pipetą wielokanałową, bo wygodnie) po 2ul otrzymywać stęż takie, jakby w mieszaninie reakcyjnej znalazło się od 1,5 do 3mM

6. W 95% przypadków powinniśmy być zadowoleni z efektu. Drobne korekty w metodyce będą już tylko polegały na:
* zredukowaniu ilości starterów do minimum, które dobrze działa (średnio 0,2-0,5ul na 25ul reakcji, choć czasami trzeba poprzestać na 1ul!)
* przycięciu programu PCR do najniższych czasów jakie daja spodziewany efekt (czasami starczy i 3x10s, więc po co marnować czas na 3x45s)
* wydrukowaniu sobie ładnej kartki z przepisem na MIX na 1,2,3,4,5... reakcji.

Uwagi końcowe:
* przez MIX rozumiemy gotowy roztwór na x reakcji, który rozpipetowujemy potem do x próbówek. Nigdy nie należy pipetować osobno skłądników reakcji do każdej próbówki z osobna, szczególnie ustawiając metodykę, bo zależy nam na 100% jednorodności pomiędzy próbami. W przypadku gradientu temperatury pipetujemy wszystko, łącznie z matrycą i polimerazą w 1 próbówce, a potem tylko rozpipetowujemy i wkładamy w odpowiednie dołki cyklera. W przypadku premixu do gradientu magnezowego mieszamy wszystko OPRÓCZ MgCL2, którego dodajemy po rozpipetowaniu osobno do próbówek w żądanym stężeniu.

* matrycę do PCRu w moim przypadku stanowi 1ul cDNA lub DNA. Przy optymalizacji nie martwię się za bardzo ich stężeniem, chociaż ładowanie do 25ul reakcji 3ug DNA mija się z celem a może i zaszkodzić. Powiedzmy 50-500ng DNA spokojnie da radę.
Co do cDNA: 1ul tego, co uciągnęła odwrotna transkryptaza zwykle spokojnie daje radę.

* zauważcie że nie pisałam o optymalizacji tych 5% PCRów, które nie chcą chodzić w domyślnych warunkach. Nie będę teraz o tym pisać, żeby nie psuć wam dnia. Na pocieszenie powiem, że nie musicie się obawiać, że pierwszy PCR który będziecie
optymalizować, należy do tej puli. Chyba że macie pecha.

Niedługo (mam nadzieję) zamieszczę wycinek gradientu termicznego dla kilku różnych produktów oraz przepis na MIX który opisałam powyżej rozpisany w tabelkę.

Na Walentynki...

2011-02-14T08:48:00.000+01:00

Taki obrazek gdzieś kiedyś znalazłam :)

Jak zapisać mutację?

2011-02-10T21:18:00.000+01:00

No fajnie, mam mutację. Znalazłam, spisałam, odnotowałam których aminokwasów dotyczy... ale jak to zapisać? Nie jest to takie proste. Jeśli mamy zmianę 1 aminokwasu jest klawo, wpiszemy koordynaty, symbol aa i już. Ale przy insercji np 20 nt i zmianie ramki odczytu? Albo delecji 105 nt (bez zmiany ramki)? Głupio jest wymieniać aminokwasya jakoś przydałoby się jednolicie to zapisywać...

A więc jak profesjonalnie oznaczyć mutację? Zapraszam pod linka (>>klik<<)

Trudna miłość do RKZtów

2011-02-08T17:23:00.000+01:00

Uff. Po ostrym praniu mózgu biochemią kliniczną (2 tyg kucia, powtarzania, tłumaczenia z klinicznego na polski, kucia, powtarzania...) w końcu zaczęłam rozumieć o co tam w ogóle biega. Jestem coraz bardziej pełna uznania dla specjalizantów, którzy są w stanie żyć takim kociokwikiem przez kilka miesięcy, dzień w dzień przekopując się przez normy, klirensy, hormony, polidypsje, lipoproteiny, czasy protrombinowe... i pińcet innych tematów (łącznie z numerkami i jednostkami dot. norm i odchyleń od norm*) - do tego mając żony, mężów, dzieci, znajomych i hobby ....
hmm... no chyba że po szarpaninie ze specjalizacją już ich nie mają, co jest wielce prawdopodobne... .
W zasadzie jest to bardzo luźna pisanina zgodna z nurtem mojej świadomości, więc puenty nie będzie. Chyba nawet nie jestem w stanie żadnej wymyślić, bo wyprałam sobie mózg. Za to mogę wam opowiedzieć o SIADH albo o małych gęstych LDLach... not.
Zanim coś sensownego nabloguję, robię sobie tydzień urlopu intelektualnego. Idę nadrabiać zaległości w beletrystyce. A co!

*przepraszam, od wartości referencyjnych

Magazyn na linii

2011-02-03T16:51:00.001+01:00

Biurwy tradycyjnie mylą "cytogenetykę" i "biologię molekularną", dzwoniąc do tych pracowni metodą "random". Kumpel z cyto przychodzi do nas ze słuchawką, chichrając się do rozpóku:
-dzwoni Magazyn. Chyba do was ale nie jestem pewien. Podobno zamawialiście syntezę oligoceńską?
O_O

Okazało się że dzwonili w sprawie syntezy oligonukleotydów...

HRM (II)

2011-02-03T09:58:00.001+01:00

"High resolution melt"- niewielu słyszało o takiej metodzie analizy mutacji, bo większość kadry akademickiej jest mocno zacofana technologicznie, więc studenci (+pracownicy nauki) nieczęsto są na czasie. Usłyszeć na wykładzie o dHPLC to już sukces (zwykle szczytem kreatywności jest SSCP i RFLP)...

Co to jest HRM? W najwięskzym skrócie jest to podrasowany Real-Time PCR oparty na niespecyficznym barwniku.
Podrasowany? A co można podrasować w mało popisowej metodzie sybrowej? Zapytacie.
Otóż w Sybrze największym bajerkiem była krzywa topnienia. Pozwalała na dokładną analizę specyficzności i zachowania produktu podczas topnienia. Tak więc 2 rózne amplikony topią się trochę inaczej i widać to na wykresie.
Teraz pomyślcie o metodzie SSCP albo dHPLC, albo o analizie heterodupleksów na PAA i połaczcie to z krzywą topnienia.
Skoro heterodupleksy topią się inaczej niż 2 typy homodupleksów, to TEORETYCZNIE można to zobaczyć na krzywej topnienia z SYBRem!
Teoretycznie, bo rozbijamy się tu o problem rodzielczości i dokładności takiego topienia DNA.
Żeby zobaczyć SNP np. A*A vs A-T musimy mieć baaardzo wolniutkie i dokładne topnienie, poza tym SYBR, co by o nim nie mówić, wiąże się z DNA po łebkach, tzn. nie wysyca go, ale wbudowuje się raz na jakiś czas, co powoduje brak powtarzalności w zakresie fluorescencji tego samego produktu (w zakresie 0,02-0,10 stopnia celcjusza, bo o takiej rozdzielczości mówimy!).
Na wszystko jednak jest sposób, udało sie bowiem podrasować cyklery i znaleźć nowe barwniki, które niemalże wysycają DNA.
Tak narodził się HRM.

>>KLIK<< filmik wyjaśniający ideę działania

A po co w ogóle bawić się w jakieś nerdowskie, high-techowe rozwiązania skoro są enzymy restrykcyjne?
No właśnie. Pamiętajmy że nie każda zmiana mutacyjna/polimorficzna zlokalizowana jest w jednym, ściśle określonym miejscu genu. Jeżeli mamy do czynienia ze zmianami typu "gain of function", to najczęsciej takie zmiany występują najgęściej w ściśle określonych miejscach. Tak jest np.z mutacją V617F w JAK2 albo D816 w c-KIT. Ale zmiany typu "loss of function" są trudniejsze: można sie spodziewać niemal każdej zmiany, która zaburza produkcję białka, a więc: delecji i insercji zmieniających ramkę odczytu (o dowolnej długości),zamiany pojedynczego nt wprowadzającej kodon stop lub zmieniającej splicing, mutacji prowadzącej do podmiany kluczowego aminokwasu w centrum aktywnym...
Żeby dobrać się do takich mutacji (w slangu mówi się o mut. "nieznanych"), trzeba sporo się namęczyć i albo sekwencjonować (koszt...), albo kombinować z metodami przesiewowymi.
Tak dochodzimy z powrotem do HRM.

Metoda ma niezaprzeczalne zalety, ma też zasadnicze wady które póki co odstraszają wiele ośrodków od podjęcia rutynowego screeningu waśnie HRMem.

Odkrywam przed wami kilka z nich:
1. geny są duże, a obszar analizowany HRM mały, średnio do 25ont. A więc reakcję trzeba zmontować w kawałkach
2. kinetyka reakcji musi być perfekt, tzn. real-time musi być zoptymalizowany w najmniejszych szczegółach. Oznacza to sporo roboty przy każdym amplikonie a czasami konieczność puszczania kilku kawałków jednego genu osobno. W badaniach naukowych i retrospektywnych spoko, ale w diagnostyce zrobienie np. 4-5 RQ-PCRów z analizą topnienia która trwa 3h lub dłużej dla kilku marnych próbek jest Uciążliwe. Może nie dramatycznie kosztowne, ale właśnie Uciążliwe. Przez duże U.

Labowe beaty

2011-02-01T20:03:00.001+01:00

Nie chce mi się uczyć do niedzielnego egzaminu. Dlatego "zamiast" oglądam sobie hiciory laboratoryjne na tubie. Zapewne kultowy już tytuł "Bad project" zna większość czytelników, są jednak inne smaczki warte obejrzenia...

"Bad project" -czyli piekło PhD

"Most bautiful girlin the lab" - o lasiach w kitlach i ciekawym pomyśle na użycie falconów...

"Central dogma song" - o DNA i włochatych uszach Cricka

"Get Taq" - hip hop ku chwale polimerazy

"Too late to apoptize" - yyy... chłopaki trochę fałszują,ale tekst nadrabia ^^

"Sweet Home Apparatus"- trochę folkowo...

"Regulatin' Gene" - trochę rapowo...

I na deser dwa virale.
Pamperki z Applied:
http://www.youtube.com/watch?v=ISGQt9WJi5k&feature=related

Nie mają takiej mocy oddziaływania jak piosenki BioRadu, ale dają radę ^^

Oraz transformers z Roche:
http://www.youtube.com/watch?v=o0WK2EZPlyc&feature=related

Koszmar informatyka

2011-02-01T11:07:00.000+01:00

Dostalißmy nowego kompa. Nawet nam szpital kupil i nawet wywiazal sie z terminu dostawy.

No i koszmar sie zaczal. Bo trzeba przeniesc dane. Wolamy informatyka.
Ok... przyszedl.

No bo drukarka sieciowa nie dziala...
Ok... troche bolu, ale zrobil.

No bo komputery sie nie widza i nie mozemy zgrywac zdjec zeli ani innych plikow wynikowych...
I sie zaczelo... komputer A widzi komputer B, ale komp B za nich nie akceptuje faktu istnienia komputera A. Sprawe dalo sie obejsc, wysylajac pliki wygenerowane przez transiluminator bezposrednio po sieci do komputera B, po czym komputer A, skoro widzial komputer B, mogl z niego po sieci przegrac dane.

Po 5h siedzenia i blokowania nam roboty pan informatyk na okretke pokonal opor materii. Troche wlosow przy tym stracil (a wielu juz ich nie ma) po czym ubral sie i mial wyjsc.

A ja wlaczylam drukarke zeby nowo udostepnione wyniki wydrukowac... i dupa.

Komp A nie widzi drukarki sieciowej. Po czym stwierdza tez, ze nie widzi komputera B.
i=i+1...

Zagadka

2011-01-30T15:36:00.000+01:00

W sklepach kupimy suplementy witaminowe i mineralne. Chlerek sodu kupimy w każdym spożywczaku.
Ale nigdzie nie kupimy suplementów potasu. Czemu?

Nanobot

2011-01-26T18:27:00.000+01:00

W każdej pracy znajdziemy taki etap, którego nienawidzimy z całego serca.
Poza numerowaniem PCRówek, (którego nie lubi chyba nikt) darzymy z Panią Gosią wspólną niechęcia i odrazą Nanodropa.

Nie wiem czemu. Na studiach po przesiadce z tradycyjnego Spekola, kochałam to maleństwo. Okres zachwytu wygodą użytkowania się skończył (i to szybko) i dziś pozostał mi wstręt powtarzalnej czynności napipetowywania, klikania, ścierania, rozcieńczania, napipetowywania... (i=i+1).
Czssami, gdy za późno wyizoluję RNA, zdarza mi się je zamrozić bez mierzenia. Ostatnio izolowałam kolejną turę, patrzę zniechęcona na 12 czekających na zmierzenie eppendorfów, aż się pani Gosi żal zrobiło.
-Pomierzę dzisiaj za panią..- nieopatrznie zaoferowała. No to dołożyłam do tego świeżego rzutu jeszcze te 12 niepomierzonych z zeszłego razu z zamrażarki. Wyraz jej twarzy: bezcenny.

Myśląc o Nim*

2011-01-25T16:41:00.003+01:00

Zdarzają się takie dni, gdy człowiek ile by nie myślał, nieodmiennie dochodzi do wniosku że jest idiotą. Mógłby spakować walizkę, wyjechać na wyspy bananowe i mieć wszystko gdzieś. Po co komu jakieś leki na raka, supermarkety, komputery i doktoraty, wystarczy żyć, mieć pełny brzuch i szczęśliwie nie myśleć. Myślenie szkodzi, jak przeczytamy na "Pięknie neurolbiologii".
A tak człowiek siedzi, myśli o niebieskich migdałach, o lekach na raka, supermarketach, komputerach i doktoratach i tylko się męczy. A potem stwierdza niechętnie, że jednak kocha takie życie- i to jest właśnie ten moment, w którym dochodzi do wniosku, że jest idiotą.

*o Życiu/Szczęściu/Spokoju -> niepotrzebne skreślić.

Genefun (IV): Muchy w nosie

2011-01-24T20:05:00.000+01:00

No i masz. Znowu te drozofile. Niestety w labie nic śmiesznego się nie dzieje... chyba wszystkim brakuje słońca a ja odczuwam dodatkowo te 3 weekendy z rzędu zarwane przez zajęcia. Dlatego też wrzucam kolejne dziwne/śmieszne nazwy genów, co by nie było nazbyt poważnie na blogu :)

cookie monster- zatrzymuje mejozę w komórkach produkujących spermę. Nie rozpracowałam jeszcze, co to ma wspólnego z ulicą Sezamokową...
always early- partner cookie monster'a. Komórki rozrodcze są zawsze przed czasem, wyłącznie jako prekursory...
bag of marbles- podobnie jak geny powyżej, blokuje mejozę, tym razem u samic. Podobno ich jajniki wyglądają jak wory z paciorkami...
tombola- w jakimś indiańskim narzeczu oznacza "jaja", podobnie jak gen matotopetli

Tym razem sama byłam mało twórcza, za to polecam uwadze esej, który wpadł mi w łapki (przy okazji poszukiwania znaczenia matotopetli) dzisiejszego poranka:

http://www.entsoc.org/PDF/Pubs/Periodicals/AE/AE-2006/Fall/BUZZ.pdf

Serdecznie polecam.

Hematologia molekularna. Patogeneza, patomechanizmy i metody badawcze

2011-01-18T17:24:00.002+01:00

Tytuł: Hematologia molekularna. Patogeneza, patomechanizmy i metody badawcze
Szczegóły: język polski, wydanie I (2009), 337 stron, format B4?
Autorzy: praca zbiorowa pod red. M. Witta, T. Szczepańskiego i M. Dawidowskiej
Wydawnictwo: Ośrodek Wydawnictw Naukowych, Poznań
Nr ISBN: ?
Cena PL: używka 10-70zł
Dostępność w Polsce: praktycznie niedostępna

Recenzja:
Taka książka nie powinna istnieć. To była pierwsza myśl gdy spojrzałam na okładkę. W kraju, w którym diagnostyka molekularna odgrywa marginalną rolę i kojarzy się ją głownie z najczęściej występującymi chorobami dziedzicznymi, taka pozycja nie powinna się zdarzyć. Ale się zdarzyła, i chwała za to jej twórcom.

Właściwie jest to monografia, powstała w ramach projektu badawczego dot. metod molekularnych w hematologii. Współtwórcami tego opracowania są ważne postaci polskiej hematologii z całej Polski, a produkt ich współpracy jest całkiem udany. Książka podzielona jest na 2 części: pierwsza z nich przybliża kierunki rozwoju hematologii molekularnej, opisując konkretne zespoły chorobowe i ich cechy molekularne, a także pewne procedury diagnostyczne i terapeutyczne, takie jak immunofenotypowanie, diagnostyka cytogenetyczna czy ALLO-SCT. Druga część, szczególnie cenna dla biologa molekularnego, to propozycja wykonania badań. Zebrano tu protokoły izolacji kwasów nukleinowych, amplifikacji materiału i innych czynności w odniesieniu do KONKRETNYCH procedur. Jest więc monitoring chimeryzmu hematopoetycznego, ilościowa analiza poziomu BCR-ABL, rewelacyjna w swej prostocie metoda ARMS do wykrywania mutacji V617F w genie JAK2 i typowanie HLA.
Książka ma niestety kilka wad. Przede wszystkim sprawia wrażenie montowanej w pośpiechu, co jest częstą przypadłością monografii. Układ i treść mogłyby być bardziej spójne i ujednolicone stylistycznie, jest to jednak niewielka wada. Poważniejszym problemem jest brak dostępu do książki. Można na nią od czasu do czasu trafić na allegro, chociaż nie jest to łatwe zadanie. Trochę szkoda, bo znam paru matołów z prywatnych labów, którym ta pozycja powinna być wbita do głów na siłę, powoli i baaardzo boleśnie, jeśli mają ochotę kontynuować prowadzenie działalności w molekularnej diagnostyce hematologicznej... Jeszcze jedną bolączką tegoż opracowania, nie do uniknięcia niestety, jest szybka dewaluacja zawartych w niej informacji. Rozwój badań nad chorobami rozrostowymi układu krwiotwórczego jest tak dynamiczny, że po niespełna 2 latach od wydania tegoż opracowania już przydałoby się je uzupełnić, a niestety widoków na kolejne wydanie nie ma i na pewno nie jest ono przewidziane (jak to z monografiami bywa...).

Ocena w skali 1-10:
Merytoryka: 10
Oprawa graficzna: 4
Przystępność dla odbiorcy: 4
Cena/jakość: 9

Mój komentarz: Pozycja polecana dla lekarzy hematologów, obowiązkowa lektura dla "specjalizantów" z Laboratoryjnej Genetyki Medycznej. Gorąco polecam uwadze osób, które wykonują oznaczenia BCR-ABL i JAK2 czy też genotypowanie HLA, żeby chociaż w zarysie dowiedziały się co i po co oznaczają.

Takie małe post scriptum: pod poniższym adresem dostępne jest część protokołów z nieniejszego opracowania. WARTO ZAJRZEĆ!
http://www.iimcb.gov.pl/protokoly.php

The legend of bromek

2011-01-15T18:38:00.006+01:00

Wczoraj na nasiadówie z Chili wymieniłyśmy opinie na temat "śmiercionośności" bromku etydynyny. Zaczęło się jednak od tego,że zostałam przez kumpli ze SPAMu zjechana za lekceważenie truciciela stulecia. Wyśmiewałam potrójne rękawiczki, nitryle, oddzielne pipety i wiele innych antybromkowych szaleństw. Chili moje zdanie podziela i wczoraj podlinkowała mi bardzo rozsądny wpis z amerykańskiego bloga http://rrresearch.blogspot.com . Pozwolę sobie tu go streścić, aczkolwiek polecam lekturę oryginalnego wpisu bo naprawdę warto.

W skrócie: bromek, występujący pod nazwą Dromilac, jest powszechnie używanym środkiem przeciwko pasożytom Trypanosoma wywołującym śpiączkę afrykańską. Roztworem EtBr dużo bardziej stężonym niż bufor do elektroforezy poi się bydło i nie jest to nic dziwnego w rejonie występowania tego pasożyta. Wg wszelkich testów toksyczności in vivo bardziej prawdopodobnym jest, że doznamy jakichkolwiek obrażeń wylewając na siebie gorącą agarozę lub poślizgnąwszy się na rozlanym na podłodze buforze.

Czy ja w to wierzę? Nie mam powodów żeby nie wierzyć. Wszelkie karty charakterystyk podają tak wysokie stężenia śmiertelne bromku, że bardziej toksyczna wydaje się być kofeina z herbaty. Prace o rzekomej strasznej aktywności mutagennej natomiast były prowadzone na hodowlach komórkowych, gdy nie osłoniętym fibroblastom dodawano do pożywki rzeczony interkalator i komórki poddawano kąpielom słonecznym w UV. Nie wiem jak wy, ale przy takiej opaleniźnie też bym zmutowała. Niezależnie od obecności bromku.

Pojawia się pytanie, jakim cudem mit bromkowy urósł do rangi biotechnologicznej urban legend? Ano autor oryginalnego wpisu podnosi hipotezę, że całą sprawę rozdmuchał Invitrogen, korzystając z nerwowej atmosfery wokół EtBr: wprowadził na rynek "alternatywę", która sprzedała się jak świeże bułeczki przy odrobinie zachęty postaci straszaka: mutagennej właściwości bromku! Wystarczyło trochę anty-etydynowej agitacji i voila! "Nowoczesny" (i bardziej szkodliwy niż EtBr!!!) barwnik odsunął w cień swojego poprzednika i okrył go złą sławą na wieczność.
Ja mam teorię uzupełniającą: ludzie lubią wierzyć w niesprawdzone banialuki. Spójrzcie tylko do blogu Barta. Skoro można uwierzyć w zbawcze lecznicze własności nafty, to czemu nie można uwierzyć w toksyczność odczynnika?

Oczywiście bromek etydyny jest toksyczny. Tak samo jak rzeczona kofeina a nawet ukochana przez organizmy żywe glukoza. Pozostaje kwestia stężenia i częstotliwości ekspozycji...

Ps. Chandra okazała się zwykłym ZNP, które jak zwykle najbardziej zaszkodziło nie mnie, ale wszelkim formom życia płci męskiej w moim otoczeniu. Ups.

Zima zła

2011-01-12T16:05:00.003+01:00

Brak weny, brak sensu, brak celu, brak motywacji, brak kasy, brak słońca.
Jednym zdaniem: brak słów.
Nie narzekam tylko na brak nauki.

Witaminka na białaczkę

2011-01-04T21:47:00.011+01:00

Nie lubię pisać o ostrej szpikowej. W gruncie rzeczy trudno napisać o niej coś pozytywnego. Jednakże nawiązując do postu Rafała o PML postanowiłam napisać coś o bardzo nietypowej ostrej białaczce szpikowej, którą leczy się... witaminką A* i arszenikiem. (*nie taką znowu zwykłą wit. A, ale o tym za chwilę...)

Zwykle sytuacja wygląda tak: jest jakiś dramatyczny rozrost mieloidalny, który na podstawie pewnych kryteriów określa się jako ostrą białaczkę szpikową. Po wyglądzie komórek i ich "sygnaturach" białkowych określa się tzw. typ wg FAB i zastanawia się co dalej. Typ AML określony na podstawie wyglądu bowiem bardzo rzadko koresponduje z przyczyną choroby i odpowiedzią na leczenie. A w zasadzie prawie nigdy. I tu białaczka o której dziś napiszę jest jedynym wyjątkiem od tej przygnębiającej reguły...

APL, ostra białaczka promielocytowa, określana też jako AML M3 wg FAB to podobnie jak CML (przewlekła szpikowa) jedna z niewielu chorób nowotworowych o poznanym mechanizmie onkogenezy i z jakimś sensownym schematem leczenia. Translokacja t(15;17) prowadzi u chorych do powstania onkogenu PML-RARA. Tak jak BCR-ABL w CML, tak też tutaj nieprawidłowe białko zachowuje się głupio.

W kontekście ostatnich badań można przypuszczać, że oba białka w tej fuzji genowej zachowują się głupio: PML ma w nosie indukowanie apoptozy, czyli aktywację komórkowego "harakiri" gdy coś nie działa, a RARA, receptor dla kwaśnej witaminy A (kwasu retynowego) nie ma zamiaru odblokować transkrypcji genów odpowiedzialnych za dalszy rozwój promielocytu do dojrzałego granulocytu. Czyli zatrzymuje komórkę w rozwoju. Takie kombo prowadzi do ciągłego mnożenia się promielocytów, które mimo że defektywne, mają w nosie samounicestwienie dla dobra ustroju.

Jak działa RARA u zdrowej osoby? W odpowiedzi na aktywowaną formę witaminy A (a właściwie 3 formy: ATRA, 9-cis-RA i 13-cis-RA) RARA aktywuje różnicowanie granulocytów od poziomu promielocytu. Defektywny PML-RARA nie odpowiada na formy cis retinolu, a jedynie na ATRĘ. A więc podanie ATRY powinno zlikwidować problem: granulocyty dojrzeją, potem (ponieważ są defektywne) szybko ulegną degradacji i po problemie.

No niezupełnie. Podawanie samego ATRA działa na krótką metę. Nie zapominajmy, że PML też zawodzi, a więc nie doprowadza do śmierci zmutowanych komórek, a tym samym dopuszcza szybką mutagenezę w komórkach. Umożliwia im eksperymenty ze swoim genomem i takie eksperymenty szybko prowadzą do wytworzenia oporności (podobnie jak z antybiotykami: jeśli będziemy bakterie hodować na antybiotyku, wcześniej czy później któraś znajdzie sposób na jego pozbycie się! Tak samo jest z ATRA i APL). Dlatego remisję wspomaga się klasyczna chemioterapią, żeby jak najszybciej dobić osłabione przez ATRĄ defektywne komórki.

Nie wspomniałam o jednej ciekawej rzeczy: napisałam we wstępie że APL jest charakterystyczna - rozpoznaje się ją już pod mikroskopem. Promielocyty same w sobie są dość charakterystyczne. A więc mamy tu wyjątek od reguły, że fenotyp i genotyp w białaczkach zwykle nie korelują ze sobą**.

Na koniec 2 gratisy:
1. Animacja działania ATRA na PML-RARA.
http://www.broadinstitute.org/chembio/lab_schreiber/anims/animations/smdbTrichRetin.php

2. Typowy patologiczny promielocyt.
http://www.pathologystudent.com/?p=154

**Żeby nie było aż tak łatwo, partnerem RARA w fuzji niekoniecznie musi być PML, więc i od wyjątku są wyjątki i czasami mimo APL nie wykryjemy genu fuzyjnego. To są jednak na szczęście przypadki marginalne!